Cucerirea statului geto-dac nu a adus întregul teritoriu locuit de daci sub stăpânire romană, tot astfel cum nici statul lui Decebal nu a fost complet integrat în componenţa noii provincii romane a Daciei. O mare parte a teritoriului său a intrat în componenţa provinciei Moesia Inferior în urma primului război daco-roman şi a rămas în această formulă administrativă pe durata întregii domnii a împăratului Traian. Este vorba despre colţul sud-estic al Transilvaniei, sudul Moldovei, cea mai mare parte a Munteniei şi estul Olteniei. O altă parte a teritoriului fostului stat geto-dac (nordul Transilvaniei şi aproape întreaga Moldovă) a rămas în afara provinciei romane, fiind locuite pe mai departe de către dacii liberi. În consecinţă, în timpul domniei lui Traian, provincia Dacia a rămas să cuprindă Transilvania propriu-zisă (cu excepţia colţului său sud-estic, reprezentat cu aproximaţie de teritoriile judeţelor Sibiu şi Braşov de astăzi), Oltenia vestică (judeţele actuale Mehedinţi şi Gorj) şi Banatul în întregime.
La moartea lui Traian au avut loc puternice atacuri ale vecinilor Romei aflaţi la Dunărea Mijlocie şi Inferioară, ceea ce a reclamat prezenţa urgentă a noului împărat Hadrian. Pentru mai multă siguranţă, acesta a abandonat Moldova Meridională şi Câmpia Munteană, zone dificil de apărat din cauza configuraţiei geografice. La nordul Dunării nu a fost păstrat decât castrul de la Barboşi, un cap de pod menit să supravegheze cursurilor inferioare ale Prutului şi Siretului. Tot în scopul eficientizării sistemului defensiv al Imperiului în acest sector, Hadrian a reorganizat provincia Dacia, divizând-o în trei provincii dacice cu rang diferit: Dacia Superior, Dacia Inferior şi Dacia Porolissensis. Dacia Superior cuprindea, se pare, cea mai mare parte a Daciei traiane, cu excepţia teritoriului nord-vestic, aflat între râurile Arieş şi Mureş. Dacia Inferior, cuprindea teritoriile anexate la nordul Dunării în urma primului război daco-roman (101-102 d. Hr.), care, iniţial, fuseseră integrate în provincia Moesia Inferior: estul Olteniei, vestul Munteniei şi sud-estul Transilvaniei. Dacia Porolissensis cuprindea teritoriul nord-estic al provinciei Dacia, cuprins între râurile Arieş şi Mureş.
Organizarea tripartită pusă la punct de Hadrian a funcţionat timp de jumătate de secol. În anii 167-168 d. Hr., în urma războaielor purtate cu marcomanii şi iazygii, împăratul Marcus Aurelius (161-180 d. Hr.) a considerat necesară reorganizarea sistemului defensiv al provinciei prin aducerea unui a doua legiuni. Reorganizarea militară a avut consecinţe şi în plan administrativ, întrucât cele trei provincii au fost aduse din nou sub autoritatea unui singur guvernator, aşa cum se întâmplase în timpul domniei lui Traian. Tot acum a avut loc şi schimbarea denumirilor pentru două dintre provincii: Dacia Superior a devenit Dacia Apulensis, în vreme ce Dacia Inferior s-a transformat în Dacia Malvensis.
Organizarea administrativ-militară pusă la punct în timpul împăratului Marcus Aurelius sa menţinut până la părăsirea Daciei de către armata şi administraţia romană, în anul 275 d. Hr.