Raporturile dintre autoritățile publice centrale și autoritățile publice locale în unele cazuri pot genera diferite categorii de conflicte, inclusiv și conflicte de interese.
Sistemul administrației publice din Republica Moldova este constituit din administrația publică centrală și administrația publică locală ca două subsisteme autonome. Conform art. 6 din Legea privind administrația publică locală, nr.436-XVI din 28.12.2006, raporturile dintre autoritățile publice centrale și cele locale au la bază principiile autonomiei, legalității, transparenței și colaborării în rezolvarea problemelor comune. Între autoritățile centrale și cele locale, între autoritățile publice de nivelul întâi și cele de nivelul al doilea nu există raporturi de subordonare, cu excepția cazurilor prevăzute de lege. În realizarea competențelor lor, autoritățile administrației publice locale dispun de autonomie, consfințită și garantată prin Constituția Republicii Moldova, Carta Europeană a Autonomiei Locale și prin alte tratate la care Republica Moldova este parte.
Autoritățile administrației publice locale beneficiază de autonomie decizională, organiza- țională, gestionară și financiară, au dreptul la inițiativă în tot ceea ce privește administrarea treburilor publice locale, exercitându-și, în condițiile legii, autoritatea în limitele teritoriului administrat.
În Strategia Națională de Descentralizare în Partea 1 „Administrația publică locală - situația actuală și definirea problemelor” se menționează, că, de jure, autoritățile publice locale din Republica Moldova dispun de o autonomie declarată deplină, însă, de facto, aceasta este limitată, parțial din cauza ingerinței autorităților publice centrale în activitatea lor cotidiană, parțial din cauza resurselor financiare proprii aflate sub limita necesității, a căror lipsă este însoțită și de o organizare administrativ-teritorială excesiv de fragmentată, și parțial din cauza unei capacități instituționale și administrative insuficiente. Aceste condiții duc la situații în care autoritățile publice locale prezintă un grad scăzut de responsabilizare în fața publicului care ar trebui să fie beneficiarul și decidentul principal, atunci când este vorba de utilizarea resurselor și adaptarea serviciilor publice la nevoile locale.
Astfel, conflictul generat de raporturile dintre autoritățile publice centrale și autoritățile publice locale vizează legalitatea, promovarea intereselor statului la nivel local sau dorința de a influența la maximum autoritățile locale în luarea deciziilor lor. De asemenea, conflictele de acest gen pot avea și substrat politic, în situația în care autoritățile centrale au o culoare politică, iar autoritățile locale au altă culoare politică.
Trebuie să menționăm că legislația în vigoare delimitează competențele autorităților administrației publice de diferite niveluri, prin care se pot evita apariția unor conflicte între nivelurile administrative
În acest sens, menționăm că, Legea privind descentralizarea administrativă nr.435-XIV din 28.12.2006, stabilește ca principii ale descentralizării administrative, principiul integrității competențelor, care presupune că orice competență atribuită autorităților publice locale trebuie să fie deplină și exclusivă, exercitarea acesteia nu poate fi contestată sau limitată de o altă autoritate decât în cazurile prevăzute de lege și principiul corespunderii resurselor cu competențele, care presupune corespunderea resurselor financiare și materiale alocate autorităților publice locale cu volumul și natura competențelor ce le sunt atribuite pentru a asigura îndeplinirea eficientă a acestora.
În scopul delimitării competențelor dintre diferite niveluri administrative și prevenirii posibilelor conflicte dintre autoritățile administrative, art. 4 din Legea privind descentralizarea administrativă nr.435/2006, a fixat domeniile proprii de activitate ale autorităților publice locale de nivelul întâi și al doilea. Realizarea domeniilor proprii de activitate este în competența exclusivă a autorităților publice locale din unitățile adminis- trativ-teritoriale și care sunt finanțate din bugetul local. În cazul bugetelor locale austere, unele unități administrativ-teritoriale se confruntă cu deficitul de resurse financiare pentru realizarea competențelor proprii. Astfel, autoritățile publice locale devin dependente de transferurile de la Bugetul de Stat.
Un aspect important în relațiile dintre autoritățile administrației publice centrale și autoritățile publice locale sunt competențele delegate, adică competențe ale organelor centrale de specialitate ale administrației publice delegate autorităților publice locale (de exemplu, educația). În cazul competențelor delegate, autoritatea care a delegat competențele trebuie să asigure și sursele necesare pentru realizarea competenței delegate. Art. 6 din Legea privind descentralizarea administrativă nr.435-XVI din 28.12.2006, stabilește mecanismul de delegare de competențe. Astfel, competențele care țin de autoritățile publice centrale pot fi delegate autorităților publice locale de nivelurile întâi și al doilea, res- pectându-se criteriile de eficacitate și de raționalitate economică. Delegarea de competențe poate fi efectuată de Parlament, la propunerea Guvernului și poate viza toate autoritățile publice locale de nivelurile întâi și al doilea (delegare generală) ori numai unele autorități publice locale. Delegarea de competențe este însoțită obligatoriu de asigurarea resurselor financiare necesare și suficiente realizării acestora. Delegarea de competențe poate fi nelimitată în timp sau determinată în timp și este efectivă doar din momentul în care a avut loc transferul resurselor financiare și materiale necesare și suficiente.
Cu referire la atribuțiile delegate fără acoperire financiară pot fi invocate un șir de norme legislative prin care administrația publică locală este obligată să asigure cu spațiu locativ, procurorii, judecătorii, militarii, polițiștii etc., care de fapt sunt reprezentați ai statului și nu a administrației publice locale și asigurarea lor socială trebuie pusă în competența autorităților centrale și nu locale. Iar în cazul în care au fost delegate aceste atribuții autorităților administrației publice locale, atunci acoperirea financiară a cheltuielilor urmează să fie efectuată din bugetul de stat. Astfel, se poate crea situația că au fost delegate competențele la nivel local, însă pentru exercitarea lor nu sunt alocata surse financiare.
Un alt aspect privind relațiile dintre autoritățile administrației publice centrale și autoritățile publice locale în procesul descentralizării este corelarea dintre transferul de competențe și transferul de resurse. Astfel, conform art. 10 din Legea privind descentralizarea administrativă nr.435/2006, Guvernul, ministerele, precum și alte autorități administrative centrale, în baza unor standarde de cost și calitate stabilite, identifică resursele necesare realizării competențelor transferate de ele, precum și sursele bugetare din care vor fi finanțate aceste competențe. Resursele astfel identificate sunt transferate autorităților administrației publice locale, în condițiile legii. Autoritățile administrației publice locale sunt responsabile de respectarea standardelor de cost și de calitate în prestarea serviciilor publice.
În dezvoltarea reglementărilor privind activitatea în domeniile proprii de activitate stabilite de Legea privind descentralizarea administrativă, art. 10 din Legea privind administrația publică locală, nr.436-XVI din 28.12.2006 stabilește că autoritățile publice locale dispun de competențe depline care nu pot fi puse în cauză sau limitate de nicio autoritate publică, decât în condițiile legii. Astfel, autoritățile administrației publice centrale nu pot să stabilească ori să impună competențe autorităților publice locale fără o evaluare prealabilă a impactului financiar pe care aceste competențe l-ar putea genera, fără o consultare a autorităților publice locale de nivelul corespunzător și fără ca acestea să fie asigurate cu mijloacele financiare necesarDeli- mitarea proprietății de stat și proprietății municipale poate constituii un obiectiv de conflicte frecvente dintre autoritățile publice de diferite niveluri. Autoritățile publice locale se află în permanentă contradicție cu oficiile teritoriale având drept obiect delimitarea proprietății. Până în prezent nu a fost realizată pe deplin înregistrarea masivă a tuturor bunurilor publice și nici nu au fost atribuite aceste bunuri la domeniile public sau privat. Prin urmare, autoritățile locale intră în conflict cu reprezentanții autorităților centrale atunci când dau în arendă, privatizează terenuri sau le atribuie pentru diferite scopuri.
Art. 19 din Legea cu privire la guvern nr.64- XII din 31.05.1990 reglementează relațiile Guvernului cu organele administrației publice locale. Astfel, Guvernul: (a) administrează, împreună cu organele administrației publice locale, obiectivele și ramurile de importanță statală; (b) coordonează activitatea organelor administrației publice locale în vederea traducerii în viață a politicii de stat în domeniul asistenței sociale, ocrotirii sănătății, învățământului public, tineretului și sportului, culturii și protecției mediului ambiant; (c) contestă hotărârile autorităților administrației publice locale, dacă ele contravin legislației.