La începutul anilor 90 a demarat procesul de constituire a partidelor politice în Moldova. Printre primele pot fi menţionate: Partidul Social Democrat din Moldova (1990), Uniunea ţăranilor din Moldova (1990) transformat în Partidul ţărănesc democratic din Moldova, Partidul Naţional Creştin din Moldova, majoritatea din ele au fost organizate după modelul partidelor care au activat în Rusia pînă la anul 1917. Ele aveau un caracter general, teoretic. Începînd cu 1990 pe arena politică a Moldovei apar partide de nuanţă local-regională şi naţională ce împărtăşeau interesele populaţiei autohtone. Victoria reprezentanţilor FPM în alegerile centrale şi locale din 1990 şi îndepărtarea de la putere a Partidului Comunist a dus la o diferenţiere mare a formaţiunilor politice din republică. Diferenţierea avea loc mai mult pe principiul etnic. Confruntarea între formaţiunile politice de diferite orientări a contribuit mult la subminarea integrităţii teritoriale a republicii. În august 1990 în sudul republicii şi în stînga Nistrului sau creat formaţiuni administrativ-teritoriale autonome Gagauzia şi Transnistria. Pe parcursul anilor 90 în cadrul FPM apar noi grupări politice. A fost creată Alianţa Forţelor Democratice care întrunea circa 20 de formaţiuni social-politice şi sociale. Noul program şi statut adoptat la Congresul II au stimulat distanţarea de front a activiştilor politici cunoscuţi şi formarea unor formaţiuni separate de FPM. Astfel, Frontul ca unică formaţiune social-politică a început să se destrame. Reducerea influenţei şi rolul FPM în societate s-a evidenţiat în timpul cînd a acceptat conlucrarea pe bază de partide cu alte formaţiuni politice. Conducerea Frontului Popular cerea cu insistenţă reunirea imediată a Republicii Moldova cu România. Propagarea acestei idei a întîlnit o reacţie negativă. Chestiunea Unirii cu România a condus la escaladarea conflictului în Transnistria şi Gagauzia.
Congresul al III-lea al acestei formaţiuni a decis schimbarea denumirii formaţiunii în FPCD. Către sf. anului 1992 în Republica Moldova activau deja peste 70 de partide, mişcări, uniuni, societăţi, ligi, vom enumera: Partidul Liberal Naţional, Partidul Naţional-Creştin, Partidul Comunist, Partidul Democrat Agrar, Partidul Social-Democrat, Mişcarea Unitatea-Edinstvo, Frontul Popular Creştin Democrat. O anumită ordine în organizarea politică a societăţii s-a produs după adoptarea în 1991 a Legii „ Despre partide şi alte organizaţii social-politice”. Conform legii date cetăţenilor li se interzicea să fie în acelaşi timp membri a două sau mai multe partide, prevedea ca organele de conducere a partidelor şi organizaţiilor social-politice să se afle în mod obligatoriu pe teritoriul ţării.