Organul executiv permanent al Găgăuziei este Comitetul executiv care este format de către Adunarea Populară la prima sesiune pentru durata mandatului. La propunerea Guvernatorului Găgăuziei Adunarea Populară aprobă cu majoritatea de voturi ale deputaţilor componenţa Comitetului executiv.Comitetul executiv al Găgăuziei asigură: a) executarea şi respectarea Constituţiei şi legilor RM, precum şi a actelor normative ale Adunării Populare; b) participarea la activitatea autorităţilor administraţiei publice centrale de specialitate ale RM în problemele ce ţin de interesele Găgăuziei; c) reglementarea, în condiţiile legii, a raporturilor de proprietate pe întreg teritoriul, administrarea economiei, construcţiei social-culturale, sistemului financiar-bugetar local, asistenţei sociale, retribuirii muncii, sistemului fiscal local, protecţiei mediului înconjurător şi folosirii raţionale a resurselor naturale; d) determinarea structurii şi direcţiilor prioritare de dezvoltare a economiei şi ale progresului tehnico-ştiinţific; e) elaborarea programelor de dezvoltare economică, socială şi naţional-culturală, de protecţie a mediului înconjurător şi realizarea lor după aprobarea de către Adunarea Populară; f) elaborarea şi prezentarea bugetului Găgăuziei spre aprobare Adunării Populare şi executarea acestuia; g) soluţionarea problemelor ce ţin de securitatea ecologică, folosirea raţională, protecţia şi regenerarea resurselor naturale, instituirea carantinei şi declararea zonelor calamităţilor naturale; h) elaborarea şi realizarea programelor în domeniul învăţămîntului, culturii, ocrotirii sănătăţii, culturii fizice şi sportului, asistenţei sociale, precum şi ocrotirea şi valorificarea monumentelor de istorie şi cultură; i) egalitatea în drepturi şi libertăţile cetăţenilor, concilierea naţională şi civilă, ocrotirea legalităţii şi ordinii publice; j) elaborarea şi promovarea politicii demografice ştiinţific fundamentate, crearea programelor de urbanizare şi de dezvoltare a gospodăriei comunale şi de locuinţe; k) funcţionarea şi dezvoltarea limbilor şi culturilor naţionale pe teritoriul Găgăuziei. Comitetul executiv deţine dreptul de iniţiativă legislativă în Adunarea Populară. Hotărîrile şi dispoziţiile Guvernatorului şi Comitetului executiv al Găgăuziei în termen de 10 zile după adoptare sînt trimise Guvernului RM cu titlu de informare.