Ca o excepţie de la principiul clasic al unităţii bugetare, începând din anul 1990, anual sunt aprobate veniturile şi cheltuielile fondurilor speciale, care se constituie în afara bugetului de stat şi care au destinaţii clar precizate prin legi specifice. Fondurile speciale funcţionează pe principiul bugetelor anexă şi diferă de la un an la altul ca număr şi dimensiune, în raport cu scopurile pentru care se constituie. Conform Legii finanţelor publice, fondurile speciale sunt integrate în sistemul unitar de bugete care se constituie şi gestionează anual, în condiţiile asigurării echilibrului financiar.
De asemenea, în Legea finanţelor publice se precizează: „Fondurile speciale, aprobate prin legi speciale, se constituie în afara bugetului de stat şi a bugetului asigurărilor sociale de stat. Proiectele bugetelor fondurilor speciale se elaborează de către Ministerul Finanţelor pe baza propunerilor ordonatorilor principali de credite, responsabili cu gestionarea fondurilor respective. Elaborarea şi execuţia bugetelor fondurilor speciale se efectuează potrivit legilor de constituire a acestor fonduri şi prevederilor din prezenta lege.”
Constituirea acestor fonduri este legată de anumite situaţii con- juncturale sau speciale pentru rezolvarea cărora se utilizează, urmând ca, la atingerea obiectivului propus, fondul respectiv să îşi înceteze activitatea. Această procedură este specificată în Legea finanţelor publice: „Pe măsura stabilizării şi restructurării sectoarelor economice şi bugetare, Guvernul analizează şi propune Parlamentului desfiinţarea fondurilor speciale constituite în afara bugetului de stat ori a bugetului asigurărilor sociale, sau includerea acestora în bugetele respective”. Fondurile speciale răspund unor nevoi temporare, specifice fiecărui program de guvernare, şi de aceea ele diferă, ca număr şi destinaţie, de la o perioadă la alta.
Fondurile speciale se constituie pe seama unor venituri fiscale de tipul contribuţiilor şi impozitelor indirecte cu afectaţie specială (contribuţia pentru pensia suplimentară, contribuţia la fondul pentru plata ajutorului de şomaj, taxa pentru drumuri, încasări din comisionul vamal), precum şi din venituri nefiscale stabilite în raport cu destinaţia fiecărui fond (de exemplu, venituri din aplicarea unei cote asupra volumului de prime brute în cazul fondului special pentru protejarea asiguraţilor).
Evidenţierea constituirii şi utilizării fondurilor speciale se urmăreşte, în general, prin sistemul de trezorerie, cu ajutorul unor conturi separate (de exemplu, execuţia bugetului Fondului special pentru protejarea asiguraţilor nu se urmăreşte prin Trezorerie). Prin Trezoreria finanţelor publice, se asigură un control riguros privind constituirea şi utilizarea fondurilor speciale prin intermediul serviciului de control şi evidenţă a cheltuielilor.
În cazul fondurilor speciale echilibrate prin subvenţii de la bugetul de stat, soldurile rezultate din execuţia acestora şi neutilizate până la sfârşitul anului se regularizează cu bugetul de stat, în limita subvenţiilor acordate; diferenţa se reportează în anul următor, cu păstrarea destinaţiei iniţiale, dacă legea nu prevede altfel.
Cuprinzând alături de verigile bugetului public naţional şi bugetele fondurilor speciale, bugetul general consolidat reflectă, la nivelul unui an, valoarea integrală a fluxurilor financiare publice de formare a veniturilor fiscale şi nefiscale şi de repartizare a acestora pe destinaţii, în conformitate cu nevoia socială şi cu obiectivele de politică financiară.