Autonomia funcţională a administraţiei este o componentă a marelui principiu al separaţiei puterilor în stat.
După cum se ştie, separaţia puterilor în stat este acea regulă fundamentală privind alcătuirea şi funcţionarea autorităţilor statului în ansamblul lor, în conformitate cu care puterea publică se manifestă în principiile administraţiei publice
deplinătatea atributelor sale, prin existenţa şi funcţionarea puterilor legislativă, executivă şi judecătorească, a căror exercitare se realizează în mod relativ autonom una faţă de alta, cu posibilităţi de control reciproc.
Separaţia puterilor are şi o determinantă de ordin funcţional, şi anume imposibilitatea practică, în actualul stadiu de dezvoltare socială, ca exerciţiul întregii puteri publice şi al tuturor funcţiilor statului să revină numai unei singure autorităţi sau unui singur ansamblu de organe, dată fiind diversitatea şi volumul sarcinilor ce revin statului în cele mai variate domenii ale vieţii social-economice. Volumul şi diversitatea sarcinilor au condus la proliferarea centrală şi locală, naţională şi teritorială, a organelor administraţiei publice, tot mai diversificate şi tot mai specializate în competenţa lor.
Tocmai volumul mare de activităţi specializate face ca administraţia publică să se bucure de autonomie în funcţionarea ei. Această autonomie nu trebuie privită la modul absolut, ca o independenţă totală faţă de puterea legislativă şi puterea judecătorească.
Puterea executivă - căreia îi corespunde ca formă de manifestare organizatorică administraţia publică, iar ca mod de exercitare activitatea executivă - deşi este autonomă, totuşi, puterea legislativă îi edictează normele de organizare şi funcţionare, în vreme ce puterea judecătorească îi soluţionează încălcările de lege, sancţionând-o după caz.
Autonomia funcţională constă în faptul că intervenţia puterii legislative şi a celei judecătoreşti asupra administraţiei publice sunt limitate.
Analiza raporturilor actuale dintre legislativ şi executiv ne dezvăluie faptul că adoptarea legii, prerogativă esenţială a celui dintâi, este urmată de organizarea executării sau aplicarea acesteia de către cel de-al doilea. Această delimitare nu permite legislativului să mai poată interveni legal şi asupra modului concret de punere în executare, altfel decât abrogând, înlocuind, modificând sau interpretând legea. Deci intervenţia legislativului poate fi numai indirectă, abstractă, pe cale normativă, fiind practic exclusă orice ingerinţă directă în cazuri concrete, individuale. De altfel, imixtiunea directă printr-o măsură concretă a legislativului apare ca imposibilă, faţă de o situaţie nerezolvată, în curs de rezolvare sau deja rezolvată, deoarece nu există mijloace juridice care să producă efect în acest sens, aflate la dispoziţia legislativului.
Această poziţie de autonomie juridică, în sensul lipsei oricărei subordonări funcţionale a activităţii executive faţă de legislativ, nu este afectată de faptul că legislativul este cel care acordă votul de încredere sau aprobă moţiunea de cenzură, în favoarea, respectiv împotriva, guvernului. În aceste situaţii, acţiunea legislativului se limitează la stricta învestire, respectiv dezînvestire de mandat, indiferent de cauza care a determinat-o, iar nu la modul concret de exercitare a mandatului. Nici faptul că autorităţile executive sunt obligate să răspundă întrebărilor sau interpelărilor, din plenul legislativului, ori să pună la dispoziţie diferite date, materiale sau informaţii, necesare efectuării unor verificări din partea unor comisii parlamentare, nici faptul că executivul prezintă spre aprobare programul său de guvernare, nu afectează autonomia funcţională a executivului, întrucât exercitarea acestor atribute de control politic nu este expresia unei subordonări ierarhice.
În ceea ce priveşte raporturile administraţiei publice cu puterea judecătorească, faptul că, uneori prin hotărârea judecătorească se anulează un act ilegal ori administraţia este obligată să emită actul solicitat de reclamant, nu este o subordonare a executivului faţă de judiciar. Sentinţa nu ţine locul acţiunii administrative, care trebuie realizată tot de executiv, chiar constrâns fiind, şi care, în fond este ţinut la îndeplinirea forţată a unei îndatoriri la care era legalmente obligat.
In sfârşit, analiza raporturilor dintre executiv şi judiciar ne mai arată că intervenţia judiciară asupra executivului are un caracter excepţional şi reparator. Ea se declanşează numai după alte solicitări prealabile adresate administraţiei, dar neonorate de către aceasta, judecata nefiind o regulă în desfăşurarea normală a acţiunii administrative.