Procuratura din perioada de după proclamarea independenţei a moştenit funcţiile şi rolul procuraturii sovietice aproape integral, unica excepţie fiind înlocuirea funcţiei de supraveghere judiciară cu cea de contribuire la exerciţiul justiţiei.
Procuratura Moldovei este subordonată direct Parlamentului Republicii Moldova, ceea ce, teoretic, ar presupune un înalt grad de independenţă. Cu toate acestea, Procurorul General nu este inamovibil şi prin urmare este deseori obiectul unor manipulări politice. În urma aderării Moldovei la Consiliul Europei în 1995, aderare condiţionată de edificarea unui stat de drept în Moldova şi respectarea drepturilor omului şi a libertăţilor individuale, Moldova s-a angajat să adapteze rolul şi funcţiile procuraturii la standardele unui stat de drept şi la normele Consiliului Europei. În acest sens a fost constituit un grup de lucru la iniţiativa Ministerului Justiţiei în 2000. Mai tîrziu acest grup de lucru a elaborat o serie de proiecte legislative care au avut drept scop reforma procuraturii. Cu toate acestea, după revizuirea acestora de către Guvern, proiectele iniţiale au fost modificate substanţial fiind afectate mai multe norme şi principii democratice în baza cărora a fost propusă iniţial reforma procuraturii.
Cu toate că atribuţiile procurorilor în sistemul justiţiei penale aşa cum sînt prevăzute acestea în Codului de Procedură Penală corespund pe deplin standardelor europene, atribuţiile largi de supraveghere judiciară şi participare la litigii civile acordate procuraturii sînt cel puţin alarmante.
Există puţine garanţii care ar asigura o activitate independentă şi imparţială a procurorilor. Aceştia sînt la discreţia totală a Parlamentului şi sînt foarte des supuşi unor presiuni politice. Iniţial, grupul de lucru menţionat mai sus a propus o serie de prevederi legislative în vederea redresării acestei stări de fapt. După revizuirea de către Guvern, multe din prevederile propuse au fost eliminate. Astfel, statutul procurorului nu se va schimba radical în timpul apropiat.
Cît priveşte relaţiile procuraturii cu puterea legislativă şi cea executivă, autorul menţionează dependenţa exagerat de mare a Procurorului General de Parlament. În acest sens, Guvernul a propus scoaterea procuraturii din subordinea Parlamentului şi plasarea acesteia sub jurisdicţia Ministerului Justiţiei. Procurorul General urmează să fie numit în funcţie la propunerea Consiliului Superior al Magistraturii. Cu toate acestea, pentru o independenţă şi imparţialitate deplină a procuraturii este nevoie de prevederi clare cu privire la atribuţiile Guvernului faţă de procuratură.
Şi relaţiile dintre procuratură şi sistemul judiciar ridică anumite problemă datorită faptului că nu satisfac întocmai cerinţele universal acceptate de egalitate a puterilor şi delimitare clară a funcţiilor de administrare a justiţiei.
Drepturile şi responsabilităţile procuraturii faţă de justiţiabili în litigii penale şi civile, deşi adecvate în linii generale, necesită a fi perfecţionate în continuare, şi trebuie elaborate şi pentru litigiile de ordin administrativ.
Proliferarea criminalităţii transfrontaliere şi imperativul cooperării transnaţionale în cazuri penale au determinat Moldova să adere la o serie de acorduri internaţionale cu caracter multilateral, cum ar fi Convenţia CSI despre Asistenţă Juridică (1991), dar şi acorduri bilaterale, ca de exemplu tratatele cu privire la ajutorul reciproc în probleme penale şi civile semnate cu Ucraina, Lituania, Letonia, Rusia şi România. O dată cu aderarea Republicii Moldova la Consiliul Europei, Moldova a aderat la mai multe acte europene în materie penală şi civilă. Pentru ca Moldova să poată aplica pe deplin aceste acte este nevoie însă de adoptarea unui cadru legislativ intern adecvat. De asemenea, este necesară o delimitare clară a responsabilităţilor de cooperare internaţională între procuratură şi Ministerul Justiţiei.