Statutul deputatului în Parlament este determinat de Constituţie, de Legea Republicii Moldova despre statutul deputatului în Parlament şi de Regulamentul Parlamentului. Deputaţii, fiind reprezentanţii poporului şi exercitând suveranitatea naţională în numele lui trebuie să se bucure de anumite garanţii şi condiţii specifice care le-ar permite exercitarea liberă a înaltei funcţii. Categoria măsurilor de protecţie cuprinde: indemnizaţii, incompatibilităţi şi imunităţi.
Indemnizaţiile parlamentarilor sunt divizate în două categorii de plăţi: una fixă (salariul) şi alta variabilă (legată de participarea la şedinţe). Componenţa indemnizaţiilor deputaţilor RM cuprind: salariul de bază, sporul pentru vechime în muncă, spor pentru grad ştiinţific, indemnizaţia zilnică pentru participare la lucrările în plen, în comisie sau la şedinţele biroului permanent, diurnele.
Deputaţii care nu dispun de spaţiu locativ în municipiul Chişinău sunt asiguraţi cu apartament de serviciu pe durata mandatului. Deputaţii în Parlamentul RM au dreptul la concediu anual plătit, la concediu pentru interesele personale şi la concediu medical.
Totodată, calitatea de deputat este incompatibilă cu exercitarea oricărei alte funcţii retribuite, cu excepţia activităţii didactice şi ştiinţifice.
Legea privind statutul deputaţilor în Parlament (art.9) stabileşte ca imunitatea parlamentară are ca scop protejarea deputatului în Parlament împotriva urmăririlor judiciare şi garantarea libertăţii lui de gândire şi de acţiune.
Acţiunea penala împotriva deputatului poate fi intentată numai de Procurorul General”.
Regulamentul Parlamentului stabileşte sancţiunile disciplinare aplicabile membrilor lor: avertismentul; chemarea la ordine; retragerea cuvântului; lipsirea de cuvânt pe o durată de până la 5 şedinţe; eliminarea din sala de şedinţe; interzicerea participării la şedinţele plenare pe o durată de până la 10 şedinţe.