Structura administraţiei publice centrale este în raport direct cu domeniile de activitate a Guvernului. Fiecare domeniu (ramură, subramură, sferă etc.) este administrată de structura respectivă în persoana organului central de specialitate.
La momentul actual, potrivit legislaţiei[1], din structura administraţiei publice centrale fac parte următoarele ministere: Ministerul Economiei; Ministerul Finanţelor; Ministerul Justiţiei; Ministerul Afacerilor Interne; Ministerul Afacerilor Externe şi Integrării Europene; Ministerul Apărării; Ministerul Dezvoltării Regionale şi Construcţiilor; Ministerul Agriculturii şi Industriei Alimentare; Ministerul Transporturilor şi Infrastructurii Drumurilor; Ministerul Mediului; Ministerul Educaţiei; Ministerul Culturii; Ministerul Muncii, Protecţiei Sociale şi Familiei; Ministerul Sănătăţii; Ministerul Tineretului şi Sportului; Ministerul Tehnologiei Informaţiei şi Comunicaţiilor.
Ministerele sînt conduse de miniştri care poartă răspundere personală pentru exercitarea sarcinilor puse în seama lor. În activitatea sa de conducere a ministerului, ministrul este asistat de unul sau mai mulţi viceminiştri.
Ministerele transpun în viaţă, în baza legilor republicii, decretele Preşedintelui Republicii Moldova, politica Guvernului, ordonanţele şi hotărîrile lui, conduc în limitele competenţei domeniile încredinţate şi sînt responsabile de activitatea lor.
Ministerele promovează o politică statală de cadre direcţionată spre completarea propriului aparat central şi a organelor de resort cu specialişti de înaltă calificare, creează sistemul ramural de instruire continuă a cadrelor, organizează pregătirea specialiştilor cu studii superioare şi medii de specialitate, asigură pregătirea cadrelor, inclusiv în străinătate. În virtutea sarcinilor, ministerele au dreptul de a face remanieri în aparatele lor prin reînnoirea contractelor de muncă sau prin atestarea funcţionarilor de stat.
Pe lîngă ministere (16 la număr), din structura administraţiei publice centrale fac parte şi alte autorităţi administrative centrale, şi anume: Biroul Naţional de Statistică; Agenţia Relaţii Funciare şi Cadastru; Biroul Relaţii Interetnice; Agenţia „Moldsilva“; Agenţia Rezerve Materiale; Agenţia Turismului; Centrul Național Anticorupție.
Autorităţile administrative centrale de pe lîngă Guvern sînt constituite de Parlament, la propunerea Prim‑ministrului, în scopul conducerii, coordonării activităţii şi exercitării controlului în domeniul organizării economiei, precum şi în alte domenii, care nu intră nemijlocit în atribuţiile ministerelor. Ele sînt conduse de directori generali sau de directori, numiţi sau eliberaţi din funcţie de Guvern.
Inspectoratele de stat sînt formate de către Guvern, în scopul exercitării controlului asupra executării legilor republicii. Ele sînt conduse de directori, numiţi sau eliberaţi din funcţie de Guvern.
Autorităţile administrative centrale şi inspectoratele de stat emit, în limitele competenţei lor, acte administrative departamentale cu caracter normativ şi individual.
Guvernul poate să creeze comisii şi consilii permanente şi provizorii pentru studierea unor probleme şi elaborarea hotărîrilor în vederea dezvoltării economiei, politicii în domeniile finanţelor, creditelor, preţurilor, valutei, circulaţiei monetare, precum şi în domeniile politicii sociale, învăţămîntului public, culturii, precum şi din alte sfere ale vieţii.
Organele centrale de specialitate ale administraţiei se subordonează direct Guvernului, activează sub conducerea lui şi sînt controlate de el. Prim‑ministrul Republicii Moldova poate cere dări de seamă prim‑viceprim‑ministrului, viceprim‑miniştrilor, fiecărui ministru, conducător de autoritate administrativă centrală, de inspectorat de stat, de comisie guvernamentală sau de consiliu guvernamental.
Competenţa de supraveghere a Guvernului se extinde şi asupra persoanelor cu funcţii de conducere din autorităţile administraţiei publice centrale.
[1] Legea cu privire la Guvern, art. 24.