Arbitrajul prezintă şi anumite dezavantaje deloc neglijabile. Procedura arbitrală, pe lângă faptul că presupune de multe ori costuri mult superioare celor specifice justiţiei statale, poate priva părţile de multe alte beneficii ale instanţelor naţionale. Instanţa arbitrală nu poate exercita aceleaşi constrângeri ca şi una naţională în procesul administrării probelor (spre exemplu, nu pot aplica sancţiuni martorilor sau experţilor care nu se supun indicaţiilor instanţei). De asemenea, există riscul organizării unor arbitraje paralele, şi implicit al pronunţării unor hotărâri arbitrale contradictorii.
Rămâne însă la alegerea părţilor, în funcţie de contextul contractual şi de utilitatea sau necesitatea unei astfel de proceduri, dacă vor face apel la arbitraj, dat fiind caracterul consensual al acestuia.
Statistic, cele mai multe dintre raporturile juridice supuse acestei proceduri sunt raporturi de comerţ internaţional. Practica arbitrală din România (şi nu numai) relevă foarte puţine cazuri în materie civilă în care se recurge la această modalitate alternativă de soluţionare a litigiilor, ceea ce denotă fie lipsa de interes, fie lipsa de informaţie în rândul persoanelor care nu sunt implicate în raporturi juridice comerciale în mod curent. Arbitrajul se practică şi în alte materii ultraspecializate, cum ar fi dreptul sportiv, dar într-o pondere mult mai redusă, dată fiind incidenţa redusă a raporturilor juridice care pot face obiectul unui astfel de arbitraj.