În Germania urmează o perioadă de anarhie, în vreme ce papalitatea îşi consolidează poziţiile în timpul pontificatului lui Inocenţiu al III-lea (1196-1216), care aduce scaunul de la Roma la cea mai înaltă poziţie deţinută în perioada medievală. Considerîndu-se vicar al lui Christos, Inocenţiu al III-lea afirmă că deţine puterea supremă în cadrul creştinătăţii (plenitudo potestas), fiind superior tuturor principilor temporali, cărora le delegă putere precum un senior vasalilor săi, şi le-o poate retrage dacă aceştia se dovedesc nedemni. Pe aceste baze teoretice intervine în alegerea regelui Germaniei, impunând în trei rînduri proprii săi candidaţi, dintre care, în cele din urmă, pe nepotul lui Barbarossa, regele Siciliei, ajuns împărat sub numele de Frederic al II-lea (1215-1250). Personalitate controversată, dornic să realizeze un imperiu mediteraneean centrat pe Italia şi Sicilia, acesta intră destul de repede în conflict cu papalitatea. Excomunicat datorită amânării plecării în cruciadă (1227), Frederic al II-lea obţine prin negociere de la sultanul Egiptului stăpînirea asupra locurilor sfinte (1229). Când încearcă să-şi impună autoritatea supra oraşelor din nordul şi centrul Italiei, este din nou excomunicat de papă, în 1239, datorită alianţei dintre acesta şi Liga lombardă. În condiţiile răscoalei oraşelor italiene, papa predică o adevărată cruciadă împotriva împăratului, şi în Italia începe un război extrem de crud între guelfi (adversarii imperiului) şi ghibelini (partizanii Hohenstaufenilor). Papii Grigore al IX-lea şi Inocenţiu la IV-lea încearcă fiecare să-l depună pe împărat cu ajutorul conciliilor (Roma, 1241; Lyon, 1245). Conflictul se termină doar prin moartea lui Frederic al II-lea în 1250.
Papalitatea ajunsese la pogeul puterii sale temporale, în vreme ce Imperiul nu mai este decât un stat german. Teocraţia pontificală se afirmase în Europa şi mai avea la dispoziţie câteva decenii înainte să primească lovitura de graţie în urma conflictului dintre Filip al IV-lea al Franţei şi papa Bonifaciu al VIII-lea.