Ideile lui Inocenţiu al III-lea au fost aduse la ultimele lor consecinţe de papa Bonifaciu al VIII-lea (1294-1303), care a acţionat însă în condiţii politice noi, improprii afirmării supremaţiei papale. Când state precum Anglia şi Franţa avansaseră în direcţia centralizării puterii monarhice, pretenţiile papei de a fi considerat capul întregii lumi intrau în contradicţie cu noile realităţi. Printr-o serie de documente, între care se remarcă bula papală Unam sanctam, Bonifaciu al VIII-lea afirmă că în afara papei de la Roma şi a bisericii sale nu există posibilitate de mântuire, că papa este conducătorul întregii lumi creştine, şi că toţi credincioşii, inclusiv capetele încoronate, sunt supuşii papei. Regele Franţei, Filip al IV-lea cel Frumos, nu poate admite punerea în discuţie a autorităţii sale asupra supuşilor şi nici existenţa unei alte puteri, cu centrul în exteriorul regatului său, care să-i concureze propria putere. Poziţia teocratică absolută a papei, ca şi refuzul de a accepta taxarea clerului fără învoirea sa pentru necesităţile statului declanşează conflictul. În faţa ameninţării cu excomunicarea, regele Franţei trimite o trupă, condusă de sfetnicul său Guillaume de Nogaret, care îl face prizonier pe Bonifaciu al VIII-lea la Anagni, în 1303. Bătrînul papă este brutalizat de Nogaret, şi chiar dacă o revoltă populară îl eliberează în câteva zile din mâinile francezilor, moare la puţin timp după aceea. Începuse declinul papalităţii medievale.
1. Papalitatea de la Avignon
Succesorul său este un papă francez, Clement al V-lea (1305-1314), care încearcă în zadar să menţină o anumită independenţă a papalităţii. Dovada influenţei regalităţii franceze asupra papei este şi stabilirea reşedinţei acestuia la Avignon. Sunt creaţi din ce în ce mai mulţi cardinali francezi, care slujesc interesele lui Filip al IV-lea. Incapabil să reziste presiunilor regale, Clement al V-lea acceptă suprimarea ordinului cavalerilor templieri, ale cărui bogăţii erau rîvnite de regele Franţei. Templierii sunt judecaţi şi condamnaţi la rug pe baza unor acuzaţii de vrăjitorie şi de blasfemie niciodată dovedite, ordinul este desfiinţat, iar averile lor sunt în cele din urmă transferate ioaniţilor.
Succesorii lui Clement al V-lea continuă aceeaşi politică de subordonare faţă de regalitatea franceză, căutînd compensaţii ale pierderii libertăţii de mişcare în organizarea statului pontifical după modelul statelor centralizate, în principal al Franţei. Sistemul impozitelor percepute de papalitate se perfecţionează, gestiunea financiară se îmbunătăţeşte, prin crearea Camerei apostolice. Sunt explorate noi surse de venituri, provenite de pe urma beneficiilor ecleziastice rămase vacante, din numirea de noi titulari, din darurile pe care clericii erau obligaţi să le facă Sfîntului Scaun. În acelaşi timp, curtea pontificală de la Avignon evoluează în direcţia sporirii strălucirii sale prin realizări arhitecturale prestigioase şi printr-un mecenat cultural deosebit, ceea ce o transforma în echivalentul marilor curţi princiare laice ale momentului. La rîndul lor cardinalii duc o viaţă de lux, creîndu-şi propriile curţi care rivalizează cu cea pontificală.
În afară de Franţa, care e mulţumită de a avea papalitatea în apropierea teritoriului său, restul creştinătăţii se dovedeşte din ce în ce mai ostilă situării sediului curiei la Avignon. Englezii, aflaţi în plin război de 100 de ani, refuză să mai permită vărsarea taxelor către papalitate, sub pretextul că aceasta se află pe teritoriu francez, şi ar fi în pericol ca banii să ajungă în mâna duşmanilor. Germanii sunt şi ei împotriva ideii ca papii să rezideze la Avignon, iar italienii amintesc în permanenţă că Roma era sediul legitim al papalităţii.
2. Marea schismă a bisericii occidentale
În faţa curentului de idei tot mai puternic în favoarea revenirii la Roma, papa Grigore al XI-lea se întoarce în 1377 şi este primit în triumf. La moartea sa, în 1378, cardinalii care îl urmaseră, sub presiunea populaţiei care cerea un papă roman, aleg drept succesor pe Urban al VI-lea
(1378-1389). Acesta intră însă rapid în conflict cu cardinalii, şi o parte a acestora aleg un alt papă, în persoana lui Clement al VII-lea (1378-1394), care revine la Avignon. Ambele alegeri fuseseră contestabile, şi din acest moment biserica occidentală cunoaşte o schismă în care doi papi, unul la Roma şi altul la Avignon, îşi dispută moştenirea Sfîntului Petru. Menţinerea acestei situaţii anormale a fost posibilă datorită amestecului forţelor politice laice polarizate datorită războiului de 100 de ani şi a altor conflicte. Regele Franţei sprijinindu-l pe papa de la Avignon, Anglia s-a îndreptat în mod natural către papa de la Roma. Tot de partea Avignonului s-au manifestat unele puteri mai apropiate din punct de vedere politic de Frnaţa, precum regatul Neapolelui, Piemont, Ferrara, Savoia, regatele Castiliei şi Aragonului, precum şi Scoţia, aflată în conflict cu Anglia. Papa de la Roma a fost susţinut de zonele din Italia centrală, unde opinia publică era foarte nefavorabilă francezilor, de Germania, aflată în legături tradiţionale cu Roma, de statele din regiunea central-răsăriteană a Europei, de Scandinavia, de Flandra aflată în conflict cu Franţa şi de Portugalia opusă Castiliei. Datorită acestui sprijin din partea diferitelor state, marea schismă se menţine pînă la începutul secolului al XV-lea, când încep să se caute soluţii pentru o situaţie devenită insuportabilă pentru o creştinătate total dezorientată. Soluţia pare să vină prin convocarea unui conciliu, în 1409, la Pisa, în care reprezentanţii bisericii au încercat să pună capăt schismei bicefale. Cei doi papi aflaţi atunci pe cele două scaune pontificale, Benedict al XIII-lea (1394-1417) de la Avignon şi Grigore al XII-lea (1406-1415) de la Roma sunt declaraţi eretici şi depuşi de conciliul care alege un alt papă, pe Alexandru al V-lea (1409-1410). Ceilalţi doi însă nu renunţă la tronul pontifical, la moartea lui Alexandru este ales un alt papă la Pisa, Ioan
al XXIII-lea (1410-1415), astfel că din acest moment, schisma, în loc să fie lichidată se adînceşte, şi Occidentul are acum trei papi.
3. Mişcarea conciliară
În creştinătatea dezbinată se auzeau din ce în ce mai frecvent glasuri care cereau reformarea bisericii în ceea ce priveşte conducerea şi membrii săi (reformatio in capite et in membris), şi aceasta nu putea fi decât opera unei adunări generale a clerului şi credincioşilor. Eforturile regelui Germaniei (şi apoi împăratului) Sigismund de Luxemburg (1410-1437), care se considera responsabil, în virtutea funcţiei sale, de întreaga creştinătate, au condus în cele din urmă la convocarea Conciliului de la Konstanz
(1414-1418). La acesta au luat parte, în afara clericilor, şi reprezentanţi ai universităţilor, oglindind o nouă concepţie despre responsabilitatea pentru problemele bisericii. Participanţii s-au grupat pe "naţiuni", pentru a împiedica manifestarea preponderenţei vreunei grupări, dar ilustrînd astfel şi o nouă concepţie asupra unei creştinătăţi diferenţiate pe criteriul etnic şi lingvistic. Conciliul trebuia să rezolve problema schismei şi a reformării bisericii, dar hotărîrile în dezbaterile pe problemele de fond au fost precedate de o condamnare a unui eretic. Ian Hus, reformatorul ceh sosit la Konstanz pe baza asigurărilor de securitate date de împărat, este judecat, condamnat şi ars pe rug. Reuşind să se mobilizeze în faţa a ceea ce considerau un pericol exterior, participanţii la conciliu puteau apoi să hotărască lichidarea schismei şi să elaboreze aşa numita doctrină conciliară. Ei afirmau că puterea papei nu are origine divină, ci a fost delegată de credincioşi, ca atare conciliu, ca adunare reprezentativă a creştinilor este superior papei. Conciliul poate lua hotărîri în favoarea dogmei şi disciplinei ecleziastice, poate reglementa viaţa temporală şi spirituală a creştinătăţii, şi mai presus de toate îl poate judeca pe papă. Pentru a avea garanţia că toate aceste hotărîri pot fi transpuse în realitate, conciliul de la Constanz stabileşte o anumită frecvenţă cu care papa era obligat să convoace această adunare eclesiastică. Marele rezultat de la Constanz este lichidarea schismei, în 1417 fiind ales noul papă al întregii creştinătăţi occidentale în persoana lui Martin al V-lea.
Încercarea de a pune în practică doctrina conciliară s-a manifestat la Conciliul de la Basel (1431-1437), convocat în condiţiile probelemelor create de reformele husite. Papa Eugeniu al IV-lea, ales în 1431, intră însă în conflict cu conciliul faţă de care îşi afirmă superioritatea. Participanţii la conciliu nu se pot înţelege asupra atitudiniii pe care să o adopte faţă de papă, în vreme ce acesta convoacă în 1438 un alt conciliu la Ferrara, unde toate hotărîrile de la Basel sunt declarate nule. Strămutat în 1439 la Florenţa, acest conciliu aduce papei o victorie de mare prestigiu, datorită acceptării de către împăratul bizantin şi de către o parte a bisericii ortodoxe a unirii cu Roma. Constantinopolul asediat de turci făcuse acestă concesie în speranţa iluzorie a obţinerii unui sprijin occidental, şi deşi în cele din urmă populaţia din imperiul bizantin a refuzat unirea, papa a profitat de puterea pe care şi-o manifestase. Actul de unire dintre Constantinopol şi Roma părea să refacă unitatea bisericii sub autoritatea papei, care poate declara acum că deţine puterea direct de la Christos, nu de la comunitatea creştină. În pofida a noi fricţiuni care au mai continuat între papă şi conciliu, doctrina conciliară pierduse terenul. Pe la 1450 prestigiul papei părea refăcut, dar statele naţionale în formare nu mai erau dispuse să accepte o putere universală superioară. Pe de altă parte, nu se realizase reforma interioară cerută în ultimele decenii, şi aceasta avea să declanşeze Reforma religioasă din secolul al XVI-lea.