Cea mai veche periodizare a istoriei Egiptului a fost făcută în antichitate de protul egiptean Manethon din Sebennytos, un bun cunoscător al hieroglifelor, pe vremea regelui Ptolemaios al II-lea Philadelphos, în prima jumătate a secoluli III a.C. El a scris în greceşte o istorie a Egiptului (Aigyptiaka) din care au ajuns până la noi mai multe fragmente sau rezumate păstrate de unii autori antici . El a împărţit trecutul egiptean în mai multe perioade, având drept criteriu dinastiile regale. După calculele sale, în Egipt, până la cucerirea ţării de Alexandru Macedon, au fost 31 de dinastii. Învăţaţii moderni au preluat sistemul lui Manethon, dar au adăugat alte criterii care au permis o periodizare mai largă, rezultând astfel mari epoci istorice. Dacă în genere periodizarea istoriei Egiptului nu mai pune astăzi probleme deosebite, cronologia absolută, mai ales pentru perioadele timpurii, ridică încă probleme foarte dificile, încât pentru acestea se operează cu cele trei sisteme cunoscute, cronologia înaltă, mijlocie sau joasă.
Vechii egipteni nu au avut un singur criteriu pentru datarea evenimentelor din trecut. Ei nu au avut niciodată o eră continuă, cum este era creştină sau cum este hegira la musulmani. Adeseori, pentru a data anumite evenimente sau documente, ei se raportau la anul de domnie al regelui sau la unele întâmplări mai importante din timpul domniei acestuia. Această modalitate de fixare în timp a evenimentelor îşi are originea în Epoca thinită (dinastiile I-II), când, spre exemplu, anul când se efectua recensământul vitelor, de pe vremea unui anumit faraon, era un important reper cronologic. Totuşi, acest sistem era imperfect, deoarece noi nu avem o listă completă a regilor egipteni, cu numărul anilor lor de domnie sau cu evenimente mai importante care au avut loc într-un anumit an al domniei unui anumit rege, iar incertitudinile calendarului egiptean fac dificilă convertirea acestor domniii sau evenimente în ani calculaţi după era creştină. Pentru stabilirea cronologieivechiului Egipt, se apelează la mai multe tipuri de documente care, coroborate, permit crearea unei scheme cronologice, desigur impefecte. Este vorba devechi liste de regi, uneori cu numărul de ani de domnie, de genealogii care prezintă succesiuni de popoare sau de conducători, de documente de epocă care vorbesc despre anul de domnie al regelui, de sincronisme între Egipt şi alte arii de civilizaţie (adică datarea unui eveniment sau a unui an din domnia unui rege prin surse externe, prin implicarea personajului respectiv într-un eveniment bine datat de sursa externă), de date astronomice care apar învechile texte şi, nu în ultimul rând, de date arheologice.
Cea mai veche listă de regi datează din vremea Regatului vechi. Este aşa-zisa Piatră de la Palermo, numită astfel deoarece se păstrează în muzeul din acest oraş. Dacă ar fi ajuns în întregime până la noi, am fi cunoscut lista regilor „preistorici", anteriori lui Menes, precum şi regii care au urmat acestuia, cu anii lor de domnie şi cu evenimentele mai importante petrecute în timpul domniei, până la dinastia a V-a (domnia regelui Neferirkare sau chiar mai târziu). Din păcate, din acest monument a ajuns până la noi în stare fragmentară, ceea ce nu permite decât cunoaşterea parţială a acestei liste.
Din vremea celei de a XIX-dinastii (sec.XIII a.C.) avem aşa-numitele Tabele Regale, păstrate pe trei inscripţii. Două dintre ele, cu un conţinut identic, datează de pe vremea faraonilor Seti I şi Ramses al II-lea şi s-au păstrat în templele acestora de la Abydos. Cea de a treia, în parte identică cu celelalte, a fost descoperită în mormântul în formă de capelă a funcţionarului Tjunuroy de la Saqqara. Este vorba de liste de regi, începând cu Regatulvechi până în Regatul Nou (circa 3000-1250), care sunt în continuarea unei îndelungate tradiţii religioase de păstrare a numelor regale, ca simboluri ale perenităţii şi continuităţii statului egiptean. Toate aceste liste nu amintesc însă pe prima femeie faraon, Hatşepsut, şi nici pe regii „eretici" din perioada Amarna, a căror acţiune a fost dezaprobată de regii care au urmat.
Un alt document important pentru cronologia egipteană este Canonul Regilor de pe timpul lui Ramses al II-lea, care înşira dinastii mitice şi regi istorici de la Menes probabil până la dinastia a XIX-a , până la noi ajungând doar până la dinastia a XVII-a. În sfârşit, de pe la sfârşitul dominaţiei persane sau către începutul epocii elenistice (aproximativ, anul 320 a.C.), avem aşa-zisa Cronică demotică, care, în realitate, este un text oracular comentat. În această scriere sunt înşiraţi, în ordine, regii din dinastiile XXVIII-XXX.
Datele astronomice reprezintă un capitol foarte dificil al cronologiei egiptene. Unii egiptologi au acordat o mare importanţă acestor date, considerând că ele reprezintă date certe, în ani calendaristici, pentru anumite evenimente din istoria Egiptului. În ultimele decenii, însă, s-a arătat că precizia acestor datări este adeseori îndoielnică. Observaţiile astronomice empirice alevechilor egipteni, pe care le cunoaştem vag din scrierile care au ajuns până la noi, erau stimulate de necesitatea întocmirii unui calendar cât mai precis, atât de folositor muncilor agricole. Ei trbuie să fi observat de timpuriu că începutul revărsării Nilului corespundea cam cu aşa-numitul «răsărit heliacal» al stelei numită de greci Sothis (= egipt. Sopdet, « Steaua Câinelui», «Seaua Câine») şi Sirius de astronomii moderni , adică apariţia la orizont a acestei stele puţin înainte de răsăritul Soarelui (gr. Helios). Acest «răsărit heliacal» era considerat «ziua anului nou, prima zi din prima lună a Revărsării». Pe baza coincidenţei dintre răsăritul heliacal al stelei Sirius şi perioada de început a revărsării Nilului, încă de pe la începutul mileniului III, egiptenii au conceput un calendar în care anul avea 12 luni de câte 30 de zile fiecare. La cele 360 de zile, divizate în trei anotimpuri egale, se mai adăugau încă 5 zile numite «în plus faţă de an», astfel că anul lor avea, ca şi anul nostru, 365 de zile. Dacă anul ar fi început de fiecare dată odată cu răsăritul heliacal al stelei Sirius, calendarul lor civil ar fi corespuns cu cel astronomic. Dar ei nu cunoşteau anul bisect cu ziua sa intercalară, asfel că, la fiecare patru ani, anul civil se sfârşea cu o zi mai devreme şi anul care urma începea cu o zi mai devreme faţă de anul astronomic. După 120 de ani această diferenţă ajungea la o lună (30 de zile), iar după 700 de ani la 6 luni, pentru ca abia după 1460 de ani începutul anului civil să corespundă din nou cu începutul anului astronomic, când prima zi a primei luni din primul anotimp corespundea cu răsăritul heliacal al stelei Sothis. Această perioadă de 1460 de ani este denumită «ciclul sothic». Din fericire, noi ştim din autorii clasici că o coincidenţă a anului nou civil cu răsăritul heliacal al lui Sirius a fost între anii 139-142 p.C., ceea ce i-a ajutat pe astronomii moderni să stabilească că, dacă observarea acestui fenomen astronomic a fost făcută la Memphis, perioadele sothice anterioare au fost în 1313 a.C. şi 2769 a.C.
În teorie, menţionarea în izvoarele egiptene a unei date sau a unui personaj care se poate stabili în ciclul sothic ajută la datarea, după sistemul nostru cronologic, a evenimentului sau a personajului la care face referire izvorul respectiv. În practică, lucrurile sunt însă mult mai complicate, deoarece în calcul trebue luaţi mai mulţi factori, cel mai important fiind punctul geografic de unde se observa răsăritul heliacal al lui Sirius, care putea fi mai ales Memphis, Theba sau Elephantina. La ora actuală, se pot utiliza doar două apariţii sothice: prima se referă la cel de al 7-lea an al domniei lui Senusret (gr. Sesostris) al II-lea sau al III-lea, iar cea de doua la cel de al 9-lea an de domnie a lui Amenhotep I. Răsăritul heliacal de pe vremea unuia dintre cei doi faraoni Senusret a putut fi obsevat fie de la Memphis, fie de la Elephantina, între cle două locuri find o diferenţă de circa 30 de ani, iar cel de pe vremea lui Amenhotep, fie de la Theba, fie de la Elephantina, difernţa fiind, în acest caz, de aproximativ 11 ani.Toate aceste incertitudini, de care cercetătorii trebuie să ţină cont, explică difernţele, uneori importante, dintre cronologiile adoptate de diferitil egiptologi.
La ora actuală, prin coroborarea tuturor datelor semnificative din punct de vedere istoric şi cronologic, periodizarea istoriei Egiptului, precum şi cronologia absolută a marilor perioade, după sistemul cronologic mijlociu, se înfăţişează astfel:
1.Epoca predinastică acoperă, în sens larg, întreaga preistorie a Egiptului. În sens restrâns, ea se referă la perioada cuprinsă între jumătatea mileniului V, până cătrte sfârşitul mileniului IV ( c. 4500-3150).
- Epoca Regatului timpuriu, sau Epoca thinită, numită în literatura de specialitate de limbă engleză şi Epoca arhaică, cu dinastiile I şi II, datată, aproximatv, între anii 3150-2700;
- Epoca Regatuluivechi, cu dinastiile III - VI, între, aproximativ, anii 27002200;
- Prima Perioadă intermediară, cu dinastiile VII - X (parţial contemporană cu dinastia XI) între, aproximativ, anii 2200-2060;
- Epoca Regatului mijlociu, cu dinastiile XI - XIV, între, aproximativ, anii 206o-1785;
- A doua Perioadă intermediară, sau epoca dominaţiei Hicsoşilor, cu dinastiile XV - XVII, între anii 1785-1562;
- Epoca Regatului nou, sau epoca Imperiului, cu dinastiile XVIII - XX, între anii 1562-1085;
- Epoca Regatului târziu, numită şi A treia Perioadă intermediară cu dinastiile XXI - XXXI, între anii 1085-332;
În timpul Regatului târziu, se disting mai multe subperioade:
- 1085-525 -cu dinastiile XX-XXVI, caracterizată printr-o prelungită decădere politică şi economică;
- 525-404 - dinastia XXVII este Ahemenidă (perioada dominaţiei persane);
- 404-341- dinastiiile XXVIII-XX sunt egiptene, marcând înlăturarea temporară a dominaţiei persane;
- 341-332 - dinastia XXXI, care este de asemenea Ahemenidă.
- În anul 332 a.C. Alexandru cel Mare cucereşte Egiptul şi este acceptat ca faraon egiptean. După moartea regelui macedonean, în Egipt se formează regatul elenistic al Lagizilor care va dura până în anul 30 a.C., când romanii au cucerit Egiptul şi l-au transformat într-o provincie cu un statut special. În această situaţie va rămâne până la sfârşitul domniei lui Teodosius cel Mare (395 p.C), când Imperiul Roman este definitiv împărţit în două părţi, Imperiul de Apus şi Imperiul de Răsărit, acesta din urmă transformându-se treptat în imperiul grec bizantin, Egiptul aparţinând acestuia din urmă. Între anii 639-641, Egiptul este ocupat de arabi, care au arabizat din punct de vedere lingvistic populaţia autohtonă şi au islamizat-o religios.