În faţa refuzului lui Iuliu Maniu şi C. I. C. Brătianu de a participa la un guvern de uniune naţională, Ion Antonescu apelează la o soluţie faţă de care Germania îşi arătase sprijinul deschis: constituirea unui guvern naţional-legionar. Astfel, în ziua de 14 septembrie 1940 s-a format un guvern din militari, tehnicieni şi legionari, iar România a fost proclamată stat naţional-legionar. Ion Antonescu era preşedintele Consiliului de Miniştri şi conducătorul statului, iar Horia Sima deţinea funcţia de vicepreşedinte al Consiliului de Miniştri şi de şef al Mişcării Legionare, unica organizaţie politică legală.
În calitatea pe care o deţinea, Antonescu a concentrat în mâinile sale atributele esenţiale ale puterii politice. El avea dreptul de iniţiativă legislativă, de a numi membri guvernului şi de a angaja statul pe plan extern. Ca urmare a dizolvării Parlamentului şi a restrângerii atribuţiilor regale, practic, el nu răspundea în faţa nimănui pentru actele sale de politică internă şi externă.
Astfel, începe un regim de dictatură antonesciano-legionară, cu trăsături specifice: excluderea separaţiei puterilor în stat, anularea libertăţilor şi drepturilor cetăţeneşti, desfiinţarea instituţiilor fondate de Carol al II‑lea, conducerea prin decrete-legi, încurajarea naţionalismului şi a antisemitismului. Legionarii, participând la guvernare, şi-au creat instituţii proprii, care de fapt le dublau pe cele ale statului (poliţie, tribunale, forţe paramilitare); ei nu ezitau să contracareze unele decizii luate de Antonescu pe plan politic şi economic, fapt ce a creat în ţară o stare de agitaţie şi de confuzie.
Totodată, ei urmăreau să-şi sporească numărul de simpatizanţi, folosind diverse modalităţi populiste: ceremonii publice, în memoria legionarilor ucişi în anii 1938-1939, propaganda prin presă şi radio, editarea şi difuzarea unor calendare, cărţi. broşuri prin care erau proslăvite Legiunea şi Căpitanul, înfiinţarea în cartierele muncitoreşti a unor magazine şi cantine legionare, promisiuni de mărire a salariilor şi de îmbunătăţire a condiţiilor de muncă etc.
O componentă importantă a statului naţional-legionar a reprezentat-o politica de românizare a instituţiilor din România, precum şi promovarea unei politici cu caracter pronunţat antisemit. Astfel, ministrul Muncii, Sănătăţii şi Ocrotirilor Sociale, Vasile Iaşinschi, prin Decretul-lege din 2 octombrie 1940, interzicea arendarea farmaciilor la evrei (contractele aflate în curs trebuiau rupte sau desfiinţate la data intrării în vigoare a prezentului decret, dispoziţiile aplicându-se şi drogheriilor).
La 4 octombrie 1940, Gheorghe Leon, ministrul Economiei Naţionale, propunea spre adoptare legea prin care proprietăţile rurale evreieşti erau trecute în patrimoniul statului român, bunurile intrate în patrimoniul statului erau puse la dispoziţia „subsecretariatului de stat al colonizării şi populaţiei evacuate”, care le putea distribui populaţiei române refugiate din teritoriile evacuate.
Tot de numele lui Gheorghe Leon se leagă şi începuturile politicii de românizare a întreprinderilor din România, prin Decretul-lege din 4 octombrie 1940; conform acestuia Ministerul Economiei Naţionale putea să numească, când considera necesar, un comisar de românizare pe lângă orice întreprindere. Actele de dispoziţie luate fără înştiinţarea comisarului de românizare erau considerate nule. După 18 ianuarie 1941, poate şi din cauza abuzurilor comise, instituţia comisarilor de românizare este desfiinţată. Trebuie spus că majoritatea fuseseră legionari.
Situaţia evreilor în învăţământ va fi statuată prin legea din 11 octombrie 1940, care le dădea dreptul să-şi organizeze şcoli de grad primar şi secundar care nu puteau funcţiona decât cu personal evreiesc; lor le era interzisă frecventarea învăţământului de stat.
Referitor la statutul militar al evreilor, legea din 4 decembrie 1940, hotăra că indiferent de categoria din care făceau parte, erau excluşi de la serviciul militar. Interzicerea efectuării stagiului militar însemna că erau puşi să plătească taxe militare sau să presteze munci de interes obştesc. Specialiştii ce aveau titluri academice erau „rechiziţionaţi” şi plătiţi cu o diurnă fixă. Pe timpul efectuării muncilor de interes obştesc evreii erau sub „jurisdicţiunea militară”. Pentru pregătirea premilitară (de la 18 ani la 21 de ani) trebuiau să plătească o taxă. La data publicării decretului erau „şterşi din controalele armatei” evreii de orice grad, urmând a fi înscrişi într-un registru special.
Curând, după 14 septembrie 1940, s-a ajuns la o confruntare între principalele forţe aflate la guvernare: gruparea antonesciană, care dorea respectarea legilor în vigoare şi luarea unor măsuri pe cale juridică împotriva celor vinovaţi de „dezastrul ţării” şi gruparea condusă de Horia Sima, care urmărea construirea unui stat după modelul ideologic preconizat de legionari, ruperea completă cu trecutul, venirea legionarilor la putere fiind considerară o „piatră de hotar” în istoria României.
Confruntarea dintre cele două grupări a devenit publică după 27 noiembrie 1940, ca urmare a asasinării de către legionari a 64 deţinuţi politici la închisoarea Jilava, precum şi a lui Nicolae Iorga şi Virgil Madgearu.
Pentru a clarifica situaţia din România, Adolf Hitler a invitat în Germania pe Ion Antonescu şi Horia Sima. Şeful Mişcării Legionare nu a dat curs invitaţiei, rămânând în ţară pentru a pregăti înlăturarea generalului. În cadrul discuţie cu Hitler din 14 ianuarie 1941, Antonescu a făcut un amplu rechizitoriu împotriva Mişcării Legionare, care crease o stare de tensiune în ţară. La rândul său, Führer-ul i-a dat mână liberă lui Antonescu în vederea restabilirii ordinii în România.
În zilele de 21-23 ianuarie 1941, legionarii, dornici să deţină întreaga putere în stat, au organizat o rebeliune, atacând şi ocupând instituţii administrative, secţii de poliţie, centre de comunicaţie. Au fost devastate numeroase imobile şi instituţii, au fost omorâte 374 persoane (dintre care 118 evrei şi 74 militari).
Generalul Antonescu, având acordul Berlin-ului, a recurs la armată şi a înfrânt rebeliunea legionară, a arestat circa 8.000 de rebeli, care au fost condamnaţi la diverse pedepse. Circa 700 de legionari în frunte cu Horia Sima s-au refugiat în Germania, fiind apoi folosiţi de Hitler ca mijloc de şantaj în raporturile cu Antonescu. După evenimentele din ianuarie 1941, Mişcarea Legionară a fost scoasă în afara legii.
