Multă vreme perioada fanariotă a fost considerată drept cea mai neagră epocă a istoriei românilor pentru că, în afară de înăspririle dominaţiei otomane, de instalarea pe tronurile celor două principate a domnilor greci, era vorba de mărirea influenţei greceşti în domeniul cultural dar, mai cu seamă, sub aspectul pătrunderii unui număr considerabil de imigranţi greci dintre care o parte însemnată au intrat în nobleţea ţării (aprox 50% dintre familiile boiereşti erau de origine grecească; încă din interiorul etapei fanariote apare un conflict între aşa-numita boierime pământeană şi cea grecească (pentru că sunt boieri şi de origine bulgară, sârbească, rusească sau chiar occidentală). Fenomenul a condus la ceea ce s-a numit pervertirea românităţii, cu toate păcatele unei societăţi dominată de corupţie, necinste ce au fost puse pe seama grecilor; această condamnare din perspectivă morală a fanariotismului s-a produs aproape imediat după 1821 dar cei care au criticat cel mai puternic au fost paşoptiştii. Ostilitatea a preluat acest punct de vedere şi, până la sfârşitul secolului al XIX-lea, nu au fost evidenţiate decât aspecte negative în legătură cu secolul fanariot.
Ceva pozitiv în legătură cu aprecierea perioadei fanariote se petrece la sfârşitul secolului al XIX-lea datorită unor oameni formaţi la Universitatea din Atena dar, adevărata evaluare s-a produs printr-o serie de scriere ale lui Iorga care au deschis calea unor cercetări aplicate care continuă şi în prezent cu anumite dificultăţi însă, întrucât imensa majoritate a documentaţiei nu este publicată. Pentru secolul al XVIII-lea cele mai multe dintre fondurile arhivistice nu sunt clasificate şi deci practic imposibil de consultat; în plus, o mare parte a documentaţiei a fost scoasă din ţară în anii imediat anteriori secularizării domeniilor mănăstireşti (arhive mănăstireşti care au ajuns la locurile sfinte).
Înlocuirea domnilor fanarioţi pe tronurile celor două Principate nu s-a produs datorită răscoalei/revoluţiei lui Tudor Vladimirescu ci datorită acelei mişcări boiereşti care a militat pentru ceea ce s-a numit drepturile ţării, pentru revenirea ţării la situaţia de dinaintea epocii fanariote. Înlocuirea s-a produs aproape exclusiv. Momentul 1821 are această semnificaţie din perspectivă turcească - pierderea încrederii în elementul grecesc.