Convingerile catolice ale Habsburgilor s-au dovedit de nestrămutat, în ciuda imperativelor politice, care le cereau cel puţin flexibilitate în raport cu luteranismul. Forţat de împrejurări, Carol fu obligat să acorde principilor libertatea religioasă la dieta de la Speyer (1526); dar trei ani mai târziu, în condiţii mai favorabile, revocă decizia, provocând protestul nobilimii şi oraşelor luterane. De aici veni numele de „protestanţi” dat adepţilor Reformei, care până atunci îşi spuneau „evanghelici”. Ei înaintară împăratului o profesiune de credinţă - „Confesiunea de la Augsburg” - justificând poziţia reformată şi accentuând punctele comune (1530). Carol refuză însă această poziţie moderată; în replică, principii şi oraşele luterane formară „Liga de la Schmalkalden” împotriva catolicismului şi împăratului, sprijiniţi fiind de Anglia şi de Franţa; primul lor succes fu cucerirea Wurtemberg-ului. Carol aşteptă ca situaţia sa externă să se amelioreze pentru a declanşa atacul asupra protestanţilor; aceasta se întâmplă abia în 1546 când, cu ajutorul papei, Liga fu învinsă la Muhlberg iar capii ei, ducele Saxoniei şi landgraful de Hessa, căzură în mâinile împăratului. Acesta abuză însă de succes şi provocă o nouă revoltă a principilor reformaţi, grupaţi acum în „Uniunea de la Torgau” condusă de un fost aliat al lui Carol, Mauriciu de Saxonia. Răsturnarea situaţiei îl luă prin surprindere pe împărat; cât pe ce să fie luat prizonier de duşmanii săi, el se grăbi să proclame toleranţa religioasă (1552) confirmată trei ani mai târziu prin pacea de la Augsburg. Pacea religioasă de la Augsburg (25 sept. 1555) a asigurat protestanţilor dreptul la libertatea cultului şi drepturi egale cu catolicii şi a sancţionat secularizările din principatele reformate. Ea contravenea în realitate libertăţii de credinţă, adoptând formula „cuius regio, eius religio” prin care suveranul decide credinţa supuşilor săi. Carol Quintul abdică în 1556, refuzând practic să accepte sciziunea religioasă a Europei şi consecinţele sale, care făceau practic imposibilă monarhia universală catolică. El nu reuşi nici măcar să-l impună pe fiul său Filip pe tronul imperial; principii germani, ca şi papa, îl susţinură pe Ferdinand, care avea o reputaţie de moderat. Succesorul acestuia, Maximilian II (1564-1576) se făcu chiar cunoscut ca promotorul unei politici de toleranţă, atât în teritoriile habsburgice cât şi în Imperiu.