Numele de hughenoţi dat protestanţilor francezi reprezenta o deformare a germanului eindgenossen (“confederaţi”). El a fost consecinţa organizării adepţilor luteranismului din Franţa într-o federaţie a bisericilor reformate. La primul sinod naţional din 1559 acestea trecură integral la calvinism, din raţiuni mai degrabă politice; organizarea federativă rămase însă în vigoare şi fu extinsă şi la alte regiuni protestante francofone. Francisc I a fost ostil hughenoţilor; dar prudenţa politică şi imperativele luptei anti-habsburgice îl împiedicaseră să exceleze în persecutarea ereticilor mai ales în primele două decenii ale domniei. Mai degrabă fiului său i se cuvin laudele unui istoriograf iezuit, apologet al monarhiei catolice:
A luat toate precauţiile posibile pentru a împiedica intrarea în regat a noutăţilor în materie de religie; a dat teribile exemple de severitate.
Henric II lansă astfel semnalul marilor persecuţii religioase prin edictele de la Chateaubriant (1551) şi Compiegne (1557). După încheierea păcii cu Spania, el se alătură făţiş luptei duse de Filip II pentru exterminarea completă a Reformei. Însăşi magistratura franceză, în rândurile căreia protestantismul făcuse mari progrese, fu atacată violent de suveran; doar moartea acestuia în decembrie 1559 păru a opri temporar persecuţiile. Sub fiul său, Francisc II, hughenoţii încercară să-şi ia revanşa prin răpirea regelui; eşecul conjuraţiei de la Amboise (1560) avu însă darul de a duce la extrem teroarea catolică.
Mai multe zile au fost ocupate cu tăiatul capetelor, cu spânzuratul, cu înecatul. Străzile din Amboise erau înecate în sânge şi pline de trupuri de morţi, aşa încât nu puteai sta în oraş din cauza duhorii şi a infecţiilor scrie un contemporan al persecuţiilor conduse de atotputernica familie de Guise, unchi ai reginei Scoţiei şi soţie a lui Francisc, Maria Stuart. Situaţia se schimbă brusc la moartea subită a monarhului în acelaşi an; succesorul acestuia, Carol IX, se
găsea sub tutela mamei sale, Caterina de Medici, ale cărei ambiţii politice se ciocneau de puterea ducelui Fran9ois de Guise. Era deci natural ca regenta să caute o alianţă împotriva acestuia cu nobilimea hughenotă, condusă de regele Navarrei, de fratele său, prinţul de Conde, şi de amiralul de Coligny. În acest scop Caterina convocă o adunare pentru a discuta punctele controversate între protestanţi şi catolici şi a găsi un compromis politic şi religios. Rezultatele ecumenice ale acestui “Colocviu de la Poissy” fură nule, în bună parte datorită ireductibilei duşmănii dintre ducele de Guise şi Theodore de Beze; în schimb pe plan politic partidul catolic îşi concentră forţele în vederea iminentului război între cele două religii. Acesta izbucni la 1 martie 1562, când de Guise masacră o adunare protestantă în orăşelul Vassy. Conde îi mobiliză la rândul său pe hughenoţi şi primi rapid ajutoare de la englezi şi de la principii germani; însă fu învins în bătălia de la Dreux. De Guise, profitând de succes, încercă să cucerească oraşul Orleans, capitala partidului protestant dar fu asasinat de un gentilom calvin; astfel, Caterina putu impune pacea, restabilind temporar liniştea în regat. În schimb ea refuză publicarea în Franţa a deciziilor Conciliului de la Trento, atât pentru că ar fi dus la ridicarea protestanţilor, cât mai ales pentru că încălcau libertăţile bisericii gallicane (ideologia dominantă a catolicismului francez, formulând cerinţa unei biserici naţionale proprii, independente de Roma). Poziţia regentei devenea astfel extrem de fragilă în raport cu partidul catolic, şi ea se reorientă spre alianţa cu acesta, consfinţită prin întâlnirea de la Bayonne (1565) unde împreună cu Filip II şi cu ducele de Alba puse la cale un plan de exterminare a protestanţilor din Europa. În acest mod Caterina şi-i apropie pe aliaţii tradiţionali ai familiei de Guise; dar când acţiunile ducelui de Alba în Ţările de Jos făcură practic publice deciziile de la Bayonne, hughenoţii, temându-se de un tratament similar, declanşară din nou războiul religios. Conde fu ucis în bătălia de la Jarnac cu ducele de Anjou (1569) iar în fruntea partidului veni fiul regelui Navarrei, Henric de Bourbon; în ciuda sfaturilor acestuia hughenoţii fură din nou bătuţi de Anjou la Moncontour. Cum ambele tabere aveau deja pierderi enorme, recurseră la ajutor extern: Filip II, dornic de a submina puterea franceză, sări în sprijinul partidului de Guise iar Elisabeta trimise din nou ajutoare hughenoţilor, mai mult pentru a-i descuraja pe catolicii englezi. Graţie ei şi protestanţilor germani, Coligny puse pe picioare o nouă armată silindu-l pe rege să încheie o pace avantajoasă pentru hughenoţi (1570). Caterina trecu de partea acestora, trimiţând chiar ajutoare “calicilor”; dar în secret continua să conspire cu spaniolii şi cu tânărul duce Henri de Guise. În noaptea de Sfântul Bartolomeu a anului 1572 (23-24 august), după căsătoria lui Henric de Bourbon cu sora regelui, Caterina dădu lovitura, profitând de prezenţa în capitală cu această ocazie a capilor partidului hughenot. 2000 de oameni, între care şi Coligny, fură măcelăriţi numai în Paris de către catolicii fanatici; iar masacrul continuă în toate marile oraşe sub înalta protecţie regală. Paradoxal, protestanţii ieşiră întăriţi din această încercare, forţele lor concentrându-se în jurul câtorva puncte întărite, cel mai important fiind La Rochelle. Reformaţii germani trimiseră şi ei ajutoare, astfel încât conflictul putu continua sub noul suveran, Henric III - fostul duce de Anjou. Domnia sa a fost marcată de intensificarea războiului civil, devenit starea obişnuită a regatului Franţei după apariţia unui al treilea partid, al nemulţumiţilor, care sub pretextul căutării păcii încerca să înlăture forţa familiei de Guise. Prea puţin înclinat spre moderaţie, regele înrăutăţi situaţia prin neîncetatele sale manevre între partide. Astfel, confruntaţi cu o alianţă între Henric şi protestanţi, de Guise creară în 1576 Liga al cărei scop anunţat era apărarea religiei catolice; însă în realitate urmărea aducerea pe tron a ducelui cu ajutorul Spaniei. Henric însuşi a fost forţat de Stările Generale să adere la Ligă, devenind formal şeful ei; ca urmare hughenoţii se ridicară împotriva regelui. Abia în 1580 convenţia de la Fleix puse capăt ostilităţilor pentru cinci ani când, la moartea moştenitorului tronului, Henric de Bourbon deveni succesorul legitim al monarhului; situaţie intolerabilă pentru Ligă, care reaprinse flacăra războiului. În timp ce catolicii erau zdrobiţi la Coutras (1587), burghezia pariziană se ridică în favoarea ducelui de Guise şi puse mâna pe capitală, alungându-l pe rege (“ziua baricadelor”-12 mai 1588). Stările Generale fură din nou convocate în scopul depunerii lui Henric III şi încoronării ducelui. Suveranul, aliat acum cu protestanţii, le-o luă înainte şi ordonă asasinarea lui Henri de Guise; ceea ce înlătură pericolul, dar radicaliză conflictul. Susţinută de papă, Liga ceru francezilor să ridice armele împotriva suveranului lor şi-l proclamă regent pe Mayenne, fratele defunctului duce. La începutul anului 1589 un călugăr fanatic îl asasină pe Henric III, care tocmai începuse asediul Parisului răzvrătit. Noul monarh, Henric IV, se vedea astfel stăpân doar pe regiunile protestante ale Franţei şi confruntat cu o armată mult mai numeroasă decât a sa. În bătăliile de la Arcques şi Ivry reuşi să restabilească echilibrul şi putu începe recucerirea regatului, atât cu armele cât şi prin propagandă. Între timp Mayenne convocase Stările pentru a alege un suveran catolic (1593). Adunarea se găsi rapid sfâşiată între partizanii săi şi cei ai Spaniei; profitând de confuzia Ligii, Henric se converti la catolicism, lipsindu-şi duşmanii de orice pretext pentru a continua războiul, şi recunoscut de întregul regat, intră victorios în Paris la 15 septembrie 1594. Spaniolii făcură o ultimă încercare de a-i contesta autoritatea, dar după ce chiar Mayenne se supuse, fură obligaţi să încheie pacea la Vervins (1598), confirmând prevederile tratatului de la Cateau- Cambresis. Cu puţin timp înainte, Henric încheiase şi pacificarea religioasă în interior prin edictul de la Nantes ce acorda hughenoţilor libertatea de conştiinţă şi o largă libertate a cultului în afara capitalei. Protestanţii aveau de acum înainte să se bucure de drepturi cetăţeneşti egale cu catolicii şi beneficiau de acces egal la slujbele şi funcţiile publice, la învăţământ şi asistenţă medicală; se instituiau tribunale bi-partite iar hughenoţii îşi puteau păstra “locurile de siguranţă” - cetăţi cu garnizoane protestante.
Ne pare azi cel puţin ciudat că după 35 de ani de război civil Franţa s-a ridicat mai sus ca niciodată sub Henric IV, iar urmaşii acestuia au instituit preponderenţa franceză în Europa. Psihologic, costul războaielor religioase a fost enorm, dar politic ele au confirmat definitiv puterea monarhică, iar în plan economic imensitatea teritoriului şi populaţiei regatului au împiedicat o criză reală, singura consecinţă majoră fiind decăderea vechiului centru comercial de la Lyon - creaţie a negustorilor italieni - în favoarea Parisului, devenit adevărata inimă a Franţei. În general, ţărănimea şi burghezia s-au dezgustat definitiv de ambiţiile centrifuge ale seniorilor, preferând să se ralieze unei puteri centrale pacificatoare; ceea ce a condamnat la eşec toate revoltele nobiliare ale secolelor următoare. Înseşi elitele aristocratice au preferat să-şi păstreze avantajele deja obţinute în loc să continue lupta pentru a le spori; generaţia care a început conflictul era cea a veteranilor războaielor italiene - Guise, Coligny, Conde - dar cea care l-a sfârşit se regăsea mult mai bine în Henric de Bourbon şi în partidul ordinii şi al păcii.