Mathias a murit în martie 1619, Ferdinand succedându-i la tron. Cu două zile înainte de alegerea sa ca împărat, stările boeme îl proclamară rege pe electorul palatin Frederic V. Bethlen a venit în ajutorul acestuia, dar nu a putut împiedica înfrângerea rebelilor de către armatele Ligii Catolice conduse de Tilly în bătălia de la Muntele Alb (1620). Împăratul a considerat că Boemia pierduse orice drepturi ca urmare a răscoalei ei şi printr-o constituţie revizuită anulă puterile stărilor instituind un strict control imperial. Războiul ar fi putut lua sfârşit chiar atunci, căci nimeni nu se arăta dispus să-l ajute pe Frederic V, proscris de dieta imperială; dar pretenţiile aliaţilor lui Ferdinand, Spania şi Bavaria, au dus la continuarea ostilităţilor împotriva principilor protestanţi. Forţelor catolice le trebuiră doar trei ani pentru a-i zdrobi pe condotierii Uniunii evanghelice, iar Palatinatul căzu în mâinile Ligii. La aceasta s-a adăugat căderea oraşului olandez Breda în mâinile spaniolilor şi moartea lui Mauriciu de Nassau (1625). O asemenea putere acumulată în mâinile casei de Habsburg avea darul să înspăimânte Franţa, determinând-o să încheie alianţe anti-austriece cu Veneţia şi Savoia, apoi chiar cu Anglia şi cu Olanda al cărei armistiţiu luase sfârşit. Nici una din aceste puteri nu se simţea încă destul de tare pentru a ataca Imperiul; o făcu în locul lor regele Danemarcei Christian IV, ales conducător al protestanţilor germani. Generalii imperiali Tilly şi Wallenstein i se dovediră însă superiori în repetate rânduri; învinşi, danezii abandonară cauza protestantă. Urmarea a fost Pacea de la Lubeck (1629) prin care Christian abandona lupta, dându-le Habsburgilor mână liberă în Germania. În acelaşi an Ferdinand promulgă “Edictul de restituire” care încerca să readucă situaţia confesională la stadiul Păcii de la Augsburg prin restutirea bunurilor bisericeşti confiscate de protestanţi şi restrângerea libertăţii cultului pentru aceştia. În schimb îşi submină el însuşi puterea concediindu-l, la insistenţele electorilor, pe cel mai bun general al său, Wallenstein. Încurajaţi, principii cerură în continuare revocarea edictului; le trebuia însă un sprijin extern pentru a-l combate pe împărat.
Richelieu, care era în realitate urzitorul tuturor acestor coaliţii anti-habsburgice, îşi îndreptă privirile către tânărul rege al Suediei, Gustav Adolf. Acesta era deja celebru prin victoriile repurtate asupra ruşilor şi polonezilor; la începutul anului 1631 el încheie un tratat cu Franţa, obligându-se să asigure o importantă forţă militară pe teritoriul german în schimbul subsidiilor. Acţiunea sa nu ar fi avut însă succes dacă Tilly nu ar fi făcut greşeala de a jefui şi masacra populaţia oraşului Magdeburg, care-i opusese rezistenţă. Principii erau indignaţi; ei se raliară în masă lui Gustav Adolf. Electorul saxon cuceri Praga în acelaşi an; excelenta armată suedeză îl învinse pe Tilly la Breitenfeld şi la Rain şi generalul însuşi pieri în luptă. Bavaria căzu în mâinile lui Gustav Adolf; disperat, Ferdinand îl rechemă pe Wallenstein. În bătălia de la Lutzen acesta se ciocni cu suedezii; regele fu ucis chiar de la începutul ciocnirii, dar adjunctul său, Bernard de Saxa-Weimar, câştigă lupta. Operaţiunile continuară în întreaga Germanie, teritorii imense fiind devastate şi depopulate în cursul campaniilor atât de către suedezi, cât şi de imperiali. Spre sfârşitul anului 1633 însuşi Wallenstein începu să fie bănuit de trădare, intenţionând se pare să-şi creeze un regat propriu, astfel că Ferdinand ordonă asasinarea lui. Deşi lipsiţi de cel mai bun general al lor, Habsburgii mai repurtară o victorie însemnată în septembrie 1634 la Nordlingen , în urma căreia reluară Bavaria şi Germania centrală. Cauza protestantă părea pierdută, câtă vreme suedezii nu mai erau capabili să susţină singuri povara războiului; astfel că anul următor Saxonia încheie pacea cu împăratul iar majoritatea principilor luterani îi urmară exemplul, Ferdinand renunţând în schimb la aplicarea Edictului în statele lor.
Richelieu şi-a dat seama că o intervenţie directă în conflict era absolut necesară continuării luptei împotriva Austriei. Până atunci Franţa nu fusese capabilă să ducă o politică externă de asemenea anvergură, ca urmare a decăderii suferite după moartea lui Henric IV; de aceea Parisul acţionase prin intermediari în Războiul de 30 de ani. În 1635 cardinalul a decis să se implice efectiv ; dar primele operaţiuni nu au avut succes, trupele fiind complet neexperimentate. Viena şi Madridul au calculat însă greşit efectele intervenţiei, sperând să obţină părţi din Franţa; ele începură negocieri separate cu suedezii, fără a reuşi să-i desprindă din alianţa cu Richelieu. În 1636 balanţa înclină din nou în favoarea protestanţilor după victoria de la Wittstock; în plus, împăratul se stinse un an mai târziu, pe tron urmându-i nepotul său Ferdinand III, contra-reformator la fel de fanatic, dar şi politician pragmatic. El a înţeles că Franţa şi Suedia nu erau dispuse la o pace separată, urmărind distrugerea completă a puterii Habsburgilor şi slăbirea Imperiului; de aceea, se grăbi să ceară începerea negocierilor, aruncând vina prelungirii conflictului pe Richelieu. Acesta nu era dispus să cedeze atât de uşor, după 1640 situaţia înclinând clar în favoarea sa: suedezii invadaseră Boemia, în nordul Italiei trupele franceze îi zdrobeau pe spanioli, olandezii distrugându-le în acelaşi timp flota. În Catalonia şi Portugalia politica centralizatoare a ministrului Olivares făcu să izbucnească revolte pe care Spania nu era în stare să le înăbuşe; la fel şi în Neapole şi Sicilia. Această decădere a puterii iberice, consfinţită de victoria decisivă a generalului francez Conde la Rocroi (1643) avea să le fie fatală austriecilor. Abandonat şi de electorul de Brandenburg, Ferdinand a consimţit la deschiderea negocierilor de pace în oraşele Munster şi Osnabruck din Westfalia. Între timp, atât Ludovic XIII cât şi Richelieu muriseră; dar noua conducere de la Paris în frunte cu cardinalul Mazarin era la fel de hotărâtă să continue războiul. Cu toate acestea, francezii nu au reuşit să obţină izbânzi pe Rin afară de jefuirea sudului Germaniei cât timp aici s-a aflat armata bavareză condusă de Mercy. După ce acesta a căzut în luptă în 1645, Conde şi Turrene s-au aruncat asupra armatelor imperiale, făcând joncţiunea cu suedezii, care după victoria de la Jankau ocupaseră complet Cehia. Danemarca, temându-se de creşterea puterii Suediei, a intrat din nou în luptă, de partea împăratului însă; acesta nu i-a putut trimite ajutoare şi danezii au fost învinşi, punându-se astfel capăt dominaţiei lor în Baltica. Principii Ardealului s-au alăturat şi ei eforturilor protestante, deschizând temporar un nou teatru de război; astfel că Austria şi Bavaria erau practic epuizate. În 1647 ultima dintre ele părăsi, sub presiunea trupelor suedeze, alianţa cu împăratul, semnând un tratat de neutralitate; dar îl denunţă în vara anului următor. Gestul nu mai avea însă cum să-i folosească lui Ferdinand, căci în acelaşi timp imperialii erau învinşi la Zusmarhausen, apoi la Lens, de către forţele unite ale Franţei şi Suediei. Ferdinand s-a văzut obligat să ceară pacea, iar aliaţii se grăbiră să impună condiţii extrem de dure.