Protestantismul s-a răspândit foarte devreme în Transilvania în rândurile populaţiei germane burgheze. La Braşov umanistul J. Honterus a reformat biserica săsească în spirit luteran în deceniul 5. Nobilimea catolică maghiară se opunea violent acestei mişcări, mai ales că ea a fost însoţită de difuzarea anabaptismului şi antitrinitarismului (reacţie umanistă împotriva Bisericii catolice, cunoscută şi ca unitarianism). În condiţiile ocupaţiei turceşti, situaţia s-a schimbat, maghiarii trecând masiv la calvinism, astfel că ierarhia catolică a fost desfiinţată în 1556. Populaţia românească, în schimb, nu a aderat la Reformă. Deşi în 1566 Dieta de la Sibiu a decis trecerea clerului român la protestantism, efemera biserică reformată românească a dispărut după un deceniu. Cu toate acestea, ortodoxia nu a fost recunoscută drept confesiune în Ardeal, cele 4 religii „recepte” (catolicism, luteranism, calvinism şi unitarianism) fiind expresia raporturilor de forţe dintre principe, nobilimea maghiară şi patriciatul săsesc. Nici în Moldova domnitorul luteran Iacob Heraclit (Despot Vodă) nu a reuşit să introducă Reforma în ciuda înfiinţării unei academii protestante la Cotnari. În schimb aceasta a avut un oarecare efect prin iniţierea primelor traduceri de texte bisericeşti în limba română, tipărite de protestantul Coresi.