Cercetarea științifică începe cu o întrebare sau cu o problemă de cercetare. Această etapă, în linii generale, sporește interesul către fenomenul studiat, presupune identificarea lacunelor în cercetările anterioare și identificarea unui paradox științific, tinde spre soluționarea acestui paradox sau problemei științifice (Anexa 3). Formularea problemei științifice este completată de un set de întrebări, răspunsurile cărora vor soluționa problema. Aceste întrebări sunt numite teze pentru susținere sau ipoteze critice.
În cadrul formulării clare a problemei științifice și a tezelor pentru susținere, cercetătorul articulează și scopul cu obiectivele cercetării, care de fapt sunt reflecția problemei științifice și a tezelor de susținere. Implementarea obiectivelor înseamnă identificarea răspunsurilor la tezele de susținere. Ultimele contribuie la atingerea scopului studiului științific și soluționarea problemei științifice.
Din perspectivă sistemică și științifico-metodologică, cercetătorul urmează să elaboreze un plan de lucru cu o procedură specifică anume pentru problema identificată. Astfel, se recomandă ca problema principală științifică sa fie divizată în sub-probleme, în corespundere cu obiectivele cercetării. Aceasta presupune că cercetarea trebuie să conțină o ipoteză științifică, ce înseamnă relații de regularitate/legătură între două fenomene. Este important de accentuat că anume confirmarea sau infirmarea ipotezei în final va soluționa problema științifică. În cadrul formulării problemei științifice și ipotezei de bază se admite (uneori se recomandă în funcție de strategia cercetării: deducția/inducția sau reconstrucția) utilizarea anumitor ipoteze critice existente.
După formularea elementelor conceptuale, cercetătorul organizează procesul în mod ciclic și sistemic după cum se recomandă: colectarea, analiza, interpretarea rațională a datelor și concluzionarea logică și obiectivă.