După anul 1989, cadrul legal al activităţii cultelor religioase a fost radical transformat prin Constituţia din 1991 care prevede egalitatea cetăţenilor fără deosebire de credinţă religioasă (art.4 alin.2). S-a creat astfel cadrul necesar desfăşurării normale a vieţii religioase: cultele religioase sunt libere şi se organizează potrivit normelor proprii, sunt autonome faţă de stat şi se bucură de sprijinul acestuia, inclusiv prin înlesnirea asistenţei religioase în armată, spitale, penitenciare şi orfelinate (art.29). Este prevăzută obligaţia statului de a asigura libertatea învăţământului religios, potrivit normelor specifice fiecărui cult. În şcolile de stat predarea religiei este organizată şi garantată prin lege (art.3 alin.5 si alin.7). În ceea ce priveşte stagiul militar, Constituţia prevede şi posibilitatea pentru cetăţenii care din motive religioase nu pot îndeplini serviciul militar sub arme, să execute serviciul utilitar alternativ (art.39 alin.2 lit.a).

Cultele îşi pot alege în mod liber organele de conducere şi îşi numesc personalul, fără nici un amestec din partea statului. Pregătirea personalului se realizează în şcoli, facultăţi şi institute teologice de care dispun cultele, majoritatea acestor unităţi de învăţământ fiind integrate în învăţământul de stat. Ele pot întrebuinţa în manifestările confesionale, în administraţie şi învăţământ limba materna a credincioşilor.

Libertatea religioasă a cultelor din România este asigurată şi din punct de vedere material. Statul sprijină activitatea sub aspect financiar, acordând un sprijin material lunar la salarizarea personalului de cult, fonduri anuale pentru construirea unor lăcaşuri de cult noi, ca şi pentru conservarea si restaurarea bunurilor de patrimoniu aflate în proprietatea cultelor (Legea nr. 142/1999 privind sprijinul statului pentru salarizarea clerului, modificată prin O.U.G. nr. 66/2000 si aprobată prin Legea nr.647/2001;O.U.G. nr.203/1999; O.G.nr.82/2001 privind stabilirea unor forme de sprijin financiar pentru unităţile de cult ale cultelor recunoscute din România ).

Alte reglementari legale (Legea Învăţământului, Legea nr. 103/1992 privind dreptul exclusiv al cultelor religioase pentru producerea obiectelor de cult modificată prin O.U.G. nr.97/2000, Legea 46/1996 privind pregătirea populaţiei pentru apărare, H.G. nr 637/1997 privind modul de executare a serviciului utilitar alternativ, Legea nr.50/1991 (modificată şi republicată), privind autorizarea executării construcţiilor, diverse protocoale ş.a.) dezvoltă şi detaliază principiile de bază constituţionale.

Nu a fost adoptată încă o nouă lege a cultelor religioase, care să abroge Decretul - Lege nr. 177/1948 pentru regimul general al cultelor religioase. Este prevăzută dezvoltarea şi detalierea cadrului general de exercitare al libertăţii religioase precizat de Constituţie în viitoarea "Lege pentru regimul general al cultelor şi al exercitării libertăţii religioase".

Organul de specialitate al administraţiei publice, aflat în subordinea guvernului, care elaborează şi asigură aplicarea strategiei şi politicilor in domeniul cultelor este Ministerul Culturii şi Cultelor. Ministerul îşi desfăşoară activitatea, în domeniul cultelor, pe baza principiului potrivit căruia toate cultele recunoscute de lege sunt libere, autonome şi egale în relaţia cu autorităţile.