Ierarhia Bisericii Ortodoxe Romane a colaborat strans cu regimul comunist. Primul patriarh urcat la carma BOR, sub comunism, Justinian Marina si-a datorat ascensiunea faptului ca in 1944 il ascunsese pe viitorul prim-secretar al Partidului Muncitoresc Roman, Gheorghe Gheorghiu-Dej, in casa sa parohiala, pentru a-l salva de la arestare.

            BOR a fost implicata direct in incercarea de distrugere a Bisericii Greco-Catolice . In 1948, ea a preluat o parte din patrimoniul acestei biserici si a participat la convertirea prin amenintare a greco-catolicilor . Teologii ortodocsi, inclusiv cel care se bucura de cea mai mare reputatie, au considerat politica regimului comunist fata de Biserica Greco-Catolica o ocazie pentru BOR de a-si castiga suprematia, considerand: „am fi neintelepti daca n-am profita de ea."

            Cu diferite ocazii, Ierarhia BOR a facut declaratii de sustinere a regimului comunist. Toti patriarhii au facut declaratii publice in favoarea regimului si a liderilor comunisti. Ei au salutat lovitura de forta a comunistilor si alungarea regelui Mihai din tara: „Ultimul stalp al cezaro-papismului si al imperialismului in aceste locuri, ultimul hohenzollern, a abdicat" . Justinian Marina , Justin Moisescu , Teoctist Arapas au dat directia unei politici urmata de ceilalti ierarhi ai BOR. Publicatiile BOR au avut, astfel, stilul organelor de propaganda ale regimului.

            Este de notat ca, desi in presa romaneasca au aparut multe informatii privind legatura dintre parlamentari, oameni din guvern sau din presa si fosta Securitate, doar putine date privind colaborarea liderilor BOR sau ai fostului Minister al Cultelor cu politia politica au ajuns subiectul scandalurilor publice. Aceasta nu arata absenta cooperarii, ci importanta alocata astazi Bisericii Ortodoxe Romane de catre fostele structuri implicate in lupta politica interna. Zidul tacerii a fost insa spart de o personalitate importanta din interiorul BOR, mitropolitul Banatului, PS Nicolae Corneanu . Totusi, informatiile amintite raman cu totul marginale: este de asteptat ca gradul de infiltrare a institutiilor bisericesti din Romania sa fi fost analog cu cel din Rusia - unde, amintesc din nou, in prezent, patru din sase membri permanenti ai Sfantului Sinod al Patriarhiei Moscovei au fost agenti KGB.

            Ar fi insa o greseala sa se treaca pe seama „Bisericii Ortodoxe" comportamentul liderilor sai in perioada regimului comunist. In realitate a fost vorba de o actiune brutala a autoritatilor comuniste indreptata impotriva tuturor religiilor, pedepsirea si supunerea crunta a oricarei opozitii, carora le-au cazut victima toate bisericile. Sute de preoti ortodocsi au pierit in inchisorile comuniste.

            Si totusi, regimul din Romania a dat, indiferent de succesiunea politicilor si a liderilor in cei 50 de ani, o atentie speciala relatiei cu Biserica Ortodoxa; nu numai datorita numarului ortodocsilor, a rolului BOR in promovarea nationalismului, dar si datorita implicarii ample a acesteia in viata oamenilor, in special la sate. Politica specifica dusa impotriva BOR a fost caracterizata drept „obisnuitul amestec de metode pe baza de «bata si zaharel»" . Pentru controlul sistematic al vietii religioase a fost dezvoltat un intreg sistem institutional. Organizatiile religioase au intrat sub controlul Ministerului Cultelor. S-a intervenit direct in alegerea conducerii BOR. In aceste conditii, Sinodul BOR a ajuns sa sustina cu fidelitate, in interior si in exterior, actiuni ce i se comandau de catre liderii regimului comunist. Conducerea BOR a participat la reprimarea unor miscari de reinnoire a vietii religioase din cadrul ortodoxiei, dintre care cea mai importanta a fost „Oastea Domnului" . Dar este la fel de bine cunoscuta propaganda pentru regimul comunist de la Bucuresti a altor culte, o mentiune speciala meritand, datorita importantei lor in arena internationala, conducerea Bisericii Catolice si a Cultului mozaic .