Europa de Sud-Est (ca şi întregul spaţiu fost „tampon" între Est şi Vest, în epoca Războiului Rece) a devenit, în anii din urmă, şi scena afirmării „rolului" regional al Turciei sau al activităţii fundamentaliştilor islamici. Dacă Turcia respectă normele moderne şi civilizate de comportament internaţional şi se preocupă de consolidarea flancului sudic al NATO, fundamentaliştii islamici adoptă o atitudine „duplicitară": pe de o parte, acceptă temporar iniţiativele SUA şi NATO în Bosnia-Herţegovina, Kosovo şi Macedonia; pe de altă parte, depun eforturi în scopul creării unui „nucleu de putere" islamic în Balcani, opus Occidentului. Plasarea acestui „nucleu" (Albania, Sandjeak, vestul Macedoniei, Kosovo, zone din Bosnia-Herţegovina) în spaţiul de securitate NATO, într-o regiune de la „frontierele" UE (spaţiu populat cu milioane de musulmani), într-o regiune „supraîncărcată" de tensiuni şi contradicţii interetnice şi religiose, poate genera periculoase ameninţări la adresa securităţii euro-atlantice. SUA, UE şi F. Rusă sunt în dezacord parţial asupra tipului de reacţie de contracarare a fundamentalismului islamic, situaţie ce complică lupta împotriva terorismului internaţional.

În mod concret, grupări fundamentaliste înarmate - susţinute de Arabia Saudită, Iran, Irak sau Libia - sunt active în Albania şi Kosovo, în zone cu o puternică prezenţă a clerului şi şcolilor islamice, cu dificultăţi economice şi cu o rată explozivă a natalităţii; grupuri Al-Qaeda, au fost depistate în Macedonia, Bosnia-Herţegovina şi Kosovo. De altfel, mudjahedinii au reprezentat elementele cele mai eficiente în cursul „războiului religios" din Bosnia-Herţegovina. Pe plan mai larg, Conferinţa Statelor Islamice şi reţelele teroriste fundamentaliste sprijină cu fonduri, arme şi oameni „capul de pod" islamic din Balcani. În timpul din urmă, unii analişti fac speculaţii pe marginea unei „tradiţii istorice" de convergenţă de interese între anumite cercuri politice din Germania şi lumea islamică, referindu-se la evenimente din cursul primului şi celui de-al doilea război mondial.