În toamna anului 1991, reprezentanţii Macedoniei şi ai Bosniei -Herţegovina au solicitat conferinţei comunităţii Europene de la Haga recunoaşterea calităţii de state independente. Comisia condusă de juristul francez Robert Badinter, constituită în decembrie 1991, a recomandat acceptarea independenţei Macedoniei şi organizarea unui referendum în Bosnia
– Herţegovina. Treptat, s-au cristalizat grupările politico-religioase islamice şi ortodoxă, tendinţă stimulată decisiv de faptul că singură religia era în măsură să delimiteze grupurile sârb şi musulman, ambele vorbind curent limba sârbă.
Problema independenţei a devenit detonatorul războiului civil din Bosnia
– Herţegovina. Această republică, locuită de sârbi ortodocşi, sârbii musulmani şi de croaţi a repetat în „miniatură” scenariul dezmembrării Iugoslaviei. Sârbii dominau estul şi nord – vestul Bosniei, la frontierele cu Iugoslavia şi Croaţia. Musulmanii controlau oraşele, îndeosebi Sarajevo. Croaţii se concentrau în Herţegovina, spre Coasta Dalmată. Belgradul viza realizarea „Serbiei Mari” căutând să-şi păstreze liniile de comunicaţii cu republica de la Knin ( Krajna) şi cu teritoriile de pe Coasta Dalmată, ce-i asigurau ieşirea la Adriatica. De asemenea, conducerea sârbă avea nevoie de fabricile de armament construite de Tito în Bosnia. Pe de altă parte, Croaţia urmărea cucerirea provinciei Herţegovina. Musulmanii încercau să-şi constituie un stat în centrul Bosniei. Din
1990, puterea aparţinea unei coaliţii a naţionaliştilor musulmani, sârbi şi croaţi. În cadrul Bosniei, fiinţa o Republică autonomă sârbă (Srpska) în frunte cu Radovan Karadzici, originar din Muntenegru (din noiembrie 1991).
Deşi referendumul pentru independenţă în Bosnia – Herţegovina a validat separarea provinciei de Iugoslavia, sârbii locali au refuzat să accepte rezultatul votului. În momentul în care UE şi SUA au recunoscut independenţa Bosniei – Herţegovina, la 5 aprilie 1992, Armata Federală a înaintat în provincie şi a blocat capitala Sarajevo. În câteva săptămâni Armata Federală şi forţele Republicii Srspka au cucerit 2/3 din Bosnia. Pe parcursul lumii mai 1992, Armata Federală s-a retras în Iugoslavia, dar a predat armamentul greu generalului Radko Mladici, fostul comandant al garnizoanei Knin, ajuns comandant şef al forţelor Republicii Srspka. Sarajevo a rezistat, însă, în pofida unui dur asediu, ca şi Srebenica şi Gorazde.
În Herţegovina, forţele locale croate, sprijinite de Zagreb, au ocupat, până la sfârşitul lunii iunie, oraşul capitală Mostar. Comunitatea internaţională, divizată, a reacţionat cu greutate: Consiliul de Securitate ONU a impus un embargou total asupra Iugoslaviei (mai 1992), a stabilit o zonă de interdicţie a zborurilor aeriene (octombrie 1992), a implicat FOPRONU în aprovizionarea oraşelor asediate de sârbii din Bosnia, în timp ce SUA, F. Rusă, Marea Britanie, Franţa, Germania şi Italia au recunoscut integritatea Bosniei – Herţegovina (toamna 1992). Lordul Carrington, din partea UE şi Cyrus Vance, din partea ONU au elaborat un Plan de Pace, care combina integritatea republicii cu respectarea autonomiilor locale (Geneva, sfârşitul anului 1992).
Cu toate că Iugoslavia a acceptat Planul de pace, sârbii din Bosnia l-au respins, ca şi croaţii (în 1992 îşi creaseră Republica Herţeg – Bosnia). Conflictul s-a reaprins, toate părţile angajate procedând la execuţii sumare şi purificări etnice. În paralel, Croaţia şi Serbia au căutat să împartă Bosnia – Herţegovina, ignorând interesele musulmane şi proiectele comunităţii internaţionale, aşa cum a sugerat Miloşevici, încă din 1992. Pe teren, musulmanii – cu susţinere din parte „Occidentului catolic şi protestant” şi a islamului fundamentalist şi moderat – au recuperat centrul Bosniei. Pe plan politic, croaţii şi musulmanii au ajuns la o înţelegere (organizarea unei federaţii). În mai 1994, sârbii bosniaci au respins un nou plan de pace şi au continuat să atace „sanctuarele” şi „zonele sigure” ale musulmanilor, aflate în principiu sub protecţie ONU. Forţe NATO au executat (mai 1995), în replică, lovituri aeriene asupra zonei Pale (Srspka). Sârbii bosniaci au pătruns, totuşi, în Srebenita şi Zepa (iulie 1995), în vreme ce FORPRONU (mai) nu a ripostat. Croaţia a intervenit militar în favoarea . Federaţiei Croato – Musulmane. Forţele croate au străpuns încercuirea oraşului Bihaci. La 30 august 1995, NATO a declanşat operaţia „Deliberate Force” împotriva obiectivelor sârbe din Bosnia. Ca urmare a presiunii SUA şi a loviturilor NATO, preşedinţii Serbiei, Bosniei şi Croaţiei au semnat Acordurile de la Dayton, din 21 noiembrie 1995, care stabileau: Bosnia – Herţegovina este un stat „unitar”, alcătuit din Federaţia Croato – Musulmană (51% teritoriu) şi Republica Srspka (49% teritoriu); la Sarajevo se instalează un guvern central, o preşedinţie tripartită şi un parlament; prezenţa unei forţe internaţionale IFOR (NATO, SUA) de implementare a Acordurilor de pace; dezangajarea militară; componentele croate şi sârbe din Bosnia – Herţegovina au dreptul la relaţii speciale cu Croaţia şi Serbia.
După încetarea luptelor interne, Bosnia – Herţegovina a revenit cu mare greutate la o situaţie relativ stabilă, garantată şi de prezenţa Forţei Internaţionale de Stabilizare (SFOR) şi a unui Înalt Reprezentant al Comunităţii Internaţionale. În lipsa Forţei Internaţionale, Bosnia-Herţegovina poate destabiliza Balcanii de
