Începând cu 1 mai 1999, Protocolul Schengen al Tratatului de la Amsterdam din 2 octombrie 1997 a integrat cooperarea Schengen în cadrul Uniunii Europene. Astfel, Comunitatea Europeană şi-a asumat competenţa pentru largile spaţii ale acquis- urilor Schengen (Acordul Schengen şi variatele prevederi adoptate în acest context), precum şi pentru ulterioara sa dezvoltare. Pentru Marea Britanie, Irlanda şi Danemarca s-au făcut aranjamente speciale. Deşi Marea Britanie şi Irlanda nu sunt părţi ale Acordului Schengen, ele pot, cu aprobarea Consiliului UE, să aplice acquis- urile Schengen în întregime sau în parte şi să participe la dezvoltarea ulterioară. Danemarca va decide pe bază de analiză de caz dacă va participa, sub prevederile legislaţiei internaţionale, la dezvoltarea ulterioară a acquis-urilor şi dacă va integra în legislaţia sa naţională şi legislaţia Comunităţii, dezvoltată fără participarea sa.
Acordurile de cooperare dintre ţările semnatare Schengen şi Norvegia şi Irlanda au fost înlocuite cu acordurile asociate cu UE, foarte asemănătoare la conţinut, încheiate în baza Tratatului de la Amsterdam.
Pentru cetăţenii UE şi cetăţenii ţărilor-terţe care locuiesc în UE, Acordul Schengen are drept rezultat creşterea substanţială a libertăţii de călătorie şi îmbunătăţirea siguranţei în interiorul ţărilor Schengen şi frontierelor lor externe.
În prezent, ţările semnatare ale Acordului Schengen sunt Austria, Belgia, Danemarca, Franţa, Finlanda, Germania, Grecia, Islanda, Italia, Luxemburg, Olanda, Norvegia, Portugalia, Spania şi Suedia.
